不动产专属管辖的纠纷中，约定仲裁一般是无效的。以下从不同角度为您详细分析：
一、不动产专属管辖的基本规定
根据《民事诉讼法》的相关规定，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。这一规定的目的在于便于法院调查、勘验不动产状况，从而及时正确处理纠纷。不动产的固定性、不可移动性以及其与当地社会经济生活的密切联系，是确立专属管辖的重要依据。因此，在涉及不动产所有权确认等物权纠纷时，必须由不动产所在地的人民法院来进行管辖，此时是不可以约定仲裁的。
二、仲裁的基本原则与不动产纠纷的特殊性
仲裁是一种基于当事人自愿达成仲裁协议而启动的纠纷解决方式。《仲裁法》明确规定，平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。然而，不动产纠纷往往与不动产本身有着紧密的联系，如不动产的所有权归属、土地边界划分等争议，这些都需要对不动产进行实地勘查、调查取证等，由不动产所在地法院管辖更为便利和高效。因此，尽管仲裁具有自愿性、灵活性等特点，但在不动产纠纷中，其适用性受到专属管辖的限制。
三、不动产专属管辖与约定仲裁的协调问题
专属管辖的优先性：在涉及不动产的纠纷中，专属管辖具有优先性。这意味着，尽管当事人有权选择仲裁作为纠纷解决方式，但当纠纷涉及不动产时，这种选择受到专属管辖的限制。即，当事人不能通过仲裁协议来规避不动产专属管辖的规定。
仲裁协议的效力：虽然一般情况下有效的仲裁协议能够排除法院的管辖权，但在不动产纠纷中，如果仲裁协议试图规避专属管辖，则该协议将被视为无效。因此，在处理涉及不动产的纠纷时，即使当事人之间有仲裁协议，也应当遵守专属管辖的规定。
四、实际操作中的建议
当事人在处理涉及不动产的纠纷时，应当充分了解并遵守专属管辖的规定。如果希望通过仲裁方式解决纠纷，应当在确保不违反专属管辖规定的前提下，与对方当事人协商并达成有效的仲裁协议。例如，如果纠纷虽然涉及不动产，但本质上属于合同纠纷，且合同中明确约定了仲裁条款，同时该仲裁条款不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该仲裁条款可能是有效的。但这种情况较为特殊，需要具体分析。
举例说明：假设甲乙双方就一处房产的所有权发生争议，该房产位于A市。根据专属管辖的规定，该纠纷应当由A市的人民法院管辖。如果甲乙双方试图通过仲裁方式解决该纠纷，并签订了仲裁协议，但由于该纠纷属于不动产所有权确认纠纷，受到专属管辖的限制，因此该仲裁协议将被视为无效。
综上所述，不动产专属管辖的纠纷中约定仲裁一般是无效的。当事人在处理涉及不动产的纠纷时，应当充分了解并遵守相关法律规定，以确保纠纷得到合法、有效的解决。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。