结论：工资6000元但社保基数按3000元缴纳是否合法，需分情况判断，具体如下：

1. 若3000元低于当地最低社保缴费基数，则不合法
   根据《社会保险法》及地方规定，社保缴费基数通常有上下限：下限为当地上年度职工月平均工资的60%，上限为300%。若3000元低于当地规定的最低缴费基数（例如某地最低基数为3500元），则单位需按最低基数缴纳，否则构成违法。此时员工可要求单位补缴差额，或向社保部门投诉。

2. 若3000元符合当地缴费基数范围，但低于个人实际工资，则可能存在合规风险
   理论上，社保缴费基数应按员工上年度月平均工资确定（含奖金、津贴等）。若员工工资为6000元，但单位自愿按3000元缴纳（且3000元不低于当地最低基数），法律未明确禁止这种“低缴”行为，但可能影响员工未来社保待遇（如养老金、医保报销额度）。若员工能证明单位存在主观恶意（如为减少企业负担），可能通过劳动仲裁主张权益。

3. 若单位与员工协商一致按3000元缴纳，仍需符合最低基数要求
   即使双方签订协议约定低基数缴纳，若该基数低于法定最低标准，协议因违反强制性规定而无效。单位仍需补缴至最低基数，并可能面临社保部门处罚。

建议：

• 核实当地社保缴费基数上下限（可通过社保局官网或12333热线查询）；
  
• 若3000元低于最低基数，要求单位补缴或向社保部门举报；
  
• 保留工资条、劳动合同等证据，以备维权使用。
  

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