在建设工程案件中，若转包被确认无效，实际施工人通常无需承担协议约定的管理费和税金。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与合同无效性
《中华人民共和国民法典》第一百五十七条：民事法律行为无效后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。在转包合同无效的情况下，合同中关于管理费和税金的约定也自然无效，因为这些约定是基于一个无效的法律行为。
《中华人民共和国建筑法》第二十八条：明确禁止承包单位将其承包的全部建筑工程转包给他人。这一规定体现了法律对转包行为的否定性评价，因此，转包合同因违反法律强制性规定而无效。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》：该解释进一步明确了转包合同无效的情形，并规定了相关责任的承担方式。其中并未提及在合同无效的情况下，实际施工人仍需承担管理费和税金。
二、管理费与税金不应收取的原因
合同无效导致约定无效：由于转包合同本身无效，合同中关于管理费和税金的约定也自然无效。因此，基于无效合同而主张的管理费和税金缺乏合法依据。
管理费性质与法律规定不符：管理费通常被视为转包人因组织和管理工程而收取的费用。然而，在转包行为中，这种“管理”往往并不符合法律规定的正当性要求。转包行为本身违反了法律的强制性规定，因此与之相关的管理费也不应得到支持。
税金问题：税金是基于合法有效的合同和交易行为而产生的。在转包合同无效的情况下，由于合同本身不具有法律效力，因此基于该合同产生的税金主张也缺乏合法依据。此外，如果实际施工人已经按照法律规定缴纳了相关税金，那么其无需再承担转包合同中约定的额外税金。
避免不当得利：如果允许转包人在合同无效的情况下仍然收取管理费和税金，将导致其获得不当利益。这不仅违背了公平原则，也可能鼓励更多的转包行为发生，从而扰乱建筑市场秩序。
三、实际施工人的权益保护
在实际施工人面临转包合同无效的情况下，其有权拒绝支付基于无效合同而产生的管理费和税金。如果转包人或被挂靠人已经收取了这些费用，实际施工人还可以通过法律途径要求返还。
建议：
在实际操作中，每个案件的具体情况可能有所不同。因此，在处理具体案件时，还需要结合案件事实和相关法律规定进行综合分析。如果你有进一步的法律问题，可以直接向我咨询。