在转包情形下，约定由实际施工人承担的费用通常是有效的。但这一结论并非绝对，需根据具体情况进行分析。

1. 合同相对性原则：

   • 根据合同相对性原则，合同中的约定主要对合同双方产生法律效力。在转包情形中，如果发包人、承包人（转包人）与实际施工人之间有着明确的合同约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么该约定通常是有效的。
   • 实际施工人作为合同的一方，应当承担合同中约定的相关费用。

2. 实际履行与约定：

   • 实际施工人在承接工程后，通常会按照与承包人（转包人）之间的约定进行施工，并承担相应的费用。
   • 如果实际施工人已经按照约定履行了义务，如支付了工人工资、材料款等，那么这些费用就应当由其承担。

3. 特殊情况下的无效性：

   • 然而，也存在一些特殊情况，可能导致约定由实际施工人承担的费用无效。例如，如果合同中的约定违反了法律法规的强制性规定，如违反了最低工资标准、安全生产规定等，那么这些约定将是无效的。
   • 另外，如果实际施工人在签订合同时存在重大误解、被欺诈或胁迫等情形，也可能导致合同中的相关约定无效。

4. 法律后果与建议：

   • 如果约定由实际施工人承担的费用有效，且实际施工人未按照约定履行义务，那么发包人或承包人（转包人）有权要求其承担相应的法律责任，包括支付欠款、赔偿损失等。
   • 因此，在实际操作中，建议各方在签订合同时务必明确约定各自的权利义务，并确保合同内容符合法律法规的强制性规定。同时，在实际履行过程中，各方也应严格按照合同约定进行操作，以避免不必要的纠纷。

综上所述，转包情形下的约定由实际施工人承担的费用通常是有效的，但具体还需根据合同内容、法律法规以及实际情况进行综合判断。如有任何疑问或纠纷，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。