将伙食补贴计入应发工资，但在扣款时用其他项目扣除，是否违法需分情况讨论：

1. 若劳动合同或规章制度有明确约定，且扣除合法合理，则不违法

• 法律依据：根据《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》，用人单位与劳动者约定的工资构成及扣除项目，需以双方签订的劳动合同或依法制定的规章制度为准。若劳动合同中明确约定“伙食补贴计入应发工资，但可因特定原因（如未实际用餐、违反公司规定等）通过其他项目扣除”，且扣除金额未超过劳动者当月工资的20%（或当地规定比例），则属于合法扣除。
• 举例：若公司规定“员工未实际用餐的，可按实际未用餐天数扣除相应补贴”，且扣除金额合理（如每天扣除10元），则不违法。

2. 若劳动合同或规章制度无约定，或扣除无合法依据，则可能违法

• 违法情形：
  • 未约定扣除项目：若劳动合同未明确伙食补贴的扣除条件，公司擅自以“其他扣款”名义扣除，可能构成克扣工资。
  • 扣除比例超标：根据《工资支付暂行规定》，因劳动者原因给用人单位造成经济损失的，每月扣除部分不得超过当月工资的20%。若扣除的伙食补贴超过此比例，可能违法。
  • 未提前通知：若公司因经营环境变化需调整补贴政策，但未提前与劳动者协商或通知，直接扣除可能违法。
• 法律后果：劳动者可要求公司补发被扣工资，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 劳动者如何维权？

• 步骤一：核查依据：首先检查劳动合同、公司规章制度或员工手册中是否明确约定伙食补贴的扣除条件。
• 步骤二：协商解决：与公司沟通，要求说明扣除依据及合理性。若公司无法提供合法依据，可要求补发工资。
• 步骤三：投诉或仲裁：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉（通常需在知道权益被侵害之日起1年内提出），或申请劳动仲裁（仲裁时效为1年）。

4. 实务建议

• 保留证据：保存工资条、劳动合同、公司规章制度等材料，作为维权依据。
• 及时行动：若发现公司违法扣除，应尽快通过法律途径解决，避免超过时效。

总结：伙食补贴计入应发工资后用其他项目扣除是否违法，关键在于扣除是否有合法依据（如劳动合同约定、规章制度规定）及是否符合法定程序（如扣除比例、通知义务）。若公司无法提供合法依据，劳动者有权要求补发工资并维权。如有疑问，可直接向我咨询具体案例。