赔偿金应发工资中扣掉伙食补贴一般是不合法的，但劳动合同中依法另有约定的除外。以下从不同角度为您详细分析：
法律角度
根据《关于工资总额组成的规定》第三条，工资总额是指各单位在一定时期内直接支付给本单位全部职工的劳动报酬总额，它由计时工资、计件工资、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资等六个部分组成。伙食补贴作为津贴和补贴的一种，通常应包含在工资总额内。因此，在一般情况下，用人单位在计算赔偿金时，不应将伙食补贴从应发工资中扣除。
然而，如果劳动合同中明确约定了伙食补贴不计入工资总额，或者双方在劳动合同中另有其他合法约定，那么用人单位在计算赔偿金时扣除伙食补贴可能是合法的。但这种情况较为特殊，需要具体查看劳动合同中的相关条款。
实际操作角度
在实际操作中，如果用人单位在计算赔偿金时扣除了伙食补贴，而劳动者认为这不合法，劳动者可以采取以下措施：
与用人单位协商：首先，劳动者可以尝试与用人单位进行协商，要求用人单位按照法律规定支付赔偿金，包括伙食补贴。
申请劳动仲裁：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求用人单位支付应得的赔偿金。
提起诉讼：如果对劳动仲裁结果不满意，劳动者还可以向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
风险提示
对于用人单位而言，如果未经劳动者同意，擅自将伙食补贴从应发工资中扣除，可能会面临以下法律风险：
支付赔偿金：如果劳动者的权益受到侵害，用人单位可能需要支付额外的赔偿金。
行政处罚：劳动行政部门可能会对用人单位进行行政处罚，如罚款等。
声誉损失：此类行为还可能对用人单位的声誉造成负面影响，影响其与劳动者的关系和未来的招聘工作。
建议：作为劳动者，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资和福利待遇的部分。如果发现合同中有不合理的条款，应及时与用人单位沟通并协商修改。如果遇到用人单位擅自扣除伙食补贴等违法行为，应勇敢地维护自己的合法权益。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。