赔偿工资标准按实发工资计算是合法的，但需分情况讨论，具体如下：

1. 经济补偿金或赔偿金计算基数
   根据《劳动合同法》第四十七条及实施条例第二十七条，经济补偿金的月工资标准按劳动者解除或终止劳动合同前12个月的平均工资计算，且需以应发工资（即扣除社保、个税等前的工资总额，包含基本工资、奖金、津贴、补贴等货币性收入）为基数。若用人单位以实发工资（扣除社保、个税后的金额）作为计算基数，可能因未包含法定扣除项前的全额收入而违法，劳动者有权要求补足差额。

2. 停工留薪期工资或工伤赔偿
   根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工伤暂停工作接受治疗的停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由用人单位按月支付。此处“原工资”通常指工伤前12个月的平均应发工资，包含加班费、奖金等。若用人单位仅按实发工资支付，可能因未包含加班费等额外收入而违法。

3. 未签劳动合同双倍工资差额
   根据《劳动合同法》第八十二条，用人单位未签书面劳动合同需支付双倍工资差额，计算基数为劳动者当月应得工资（即应发工资）。若用人单位按实发工资计算，可能因未包含社保、公积金等法定扣除项前的全额收入而违法。

4. 特殊情形下的实发工资适用
   若劳动合同或规章制度明确约定“赔偿标准按实发工资计算”，且该约定不违反法律强制性规定（如不低于最低工资标准），则可能被认定为合法。但此类约定需经劳动者书面确认，且不得损害其合法权益。

建议：若您遇到赔偿工资标准争议，可先核对劳动合同、工资条等证据，明确应发与实发的差额部分是否包含法定应计入的项目（如奖金、津贴等）。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您分析赔偿标准的合法性及维权路径。