赔偿时，工资计算基数一般是以应发工资为准，而非实发工资，但具体还需根据赔偿情形和相关法律规定来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、不同赔偿项目的计算依据
经济补偿金：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关实施条例，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”指的是劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，且为应发工资，包括基本工资、津贴、补贴、奖金等货币性收入。
- 计算公式：经济补偿金 = 工作年限 × 月平均工资（应发工资）
- 若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。
工伤赔偿：
- 在工伤赔偿中，如一次性伤残补助金等，通常以本人工资为基数计算。这里的“本人工资”指的是工伤职工因工作遭受事故伤害或者患职业病前12个月平均月缴费工资。若用人单位足额缴纳社保，则缴费工资即应发工资。
- 停工留薪期工资：职工因工作受伤或患职业病需暂停工作接受医疗的，停工留薪期内原工资福利待遇不变，按月支付，这里同样指应发工资。
未休年假工资：
- 对职工应休未休的年休假天数，单位应按该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬。日工资按应发工资除以月计薪天数（21.75天）折算。
- 计算公式：未休年假工资 = 日工资 × 应休未休年休假天数 × 300%
二、实际应发工资的构成
实际应发工资是指员工在正常工作时间内提供了正常劳动后，用人单位应当支付给员工的全部劳动报酬。它包括基本工资、绩效工资、奖金、津贴、补贴等各项货币性收入。在计算赔偿金额时，这些收入都应纳入考虑范围。
三、特殊情况处理
- 如果劳动者月工资低于当地最低工资标准，则按最低工资标准计算经济补偿金。
- 实际工资难以确定时，可能会参照合同工资，但这种情况较少见。如果双方明确约定以合同工资作为赔偿计算标准，且不违反法律法规强制性规定，则可按合同工资计算。
- 在特定情况下，如用人单位违法解除或终止劳动合同，可能需支付更高的赔偿金，通常为经济补偿金的二倍。
四、建议与注意事项
- 在处理公司赔偿问题时，应仔细审查劳动合同的具体约定，并结合相关法律法规进行操作。
- 劳动者应保留好相关证据材料，如工资条、社保缴纳记录等，以便在需要时证明自己的应发工资情况。
- 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律意见。
综上所述，赔偿时工资计算基数一般是以应发工资为准，但具体还需根据赔偿情形和相关法律规定来确定。在处理相关问题时，应严格遵守法律法规，确保劳动者的合法权益得到充分保障。