核心结论：公司若按实发工资进行赔偿，是否合法或合理，需结合具体赔偿项目、劳动合同约定、法律规定以及实际工资构成等因素综合判断。若公司行为不符合法律规定或合同约定，您有权要求公司按应发工资（即税前工资，包含社保、公积金个人部分及个税等）标准进行赔偿。
具体分析：
- 赔偿项目与法律规定：首先，需明确公司赔偿的具体项目。例如，是经济补偿金、赔偿金、工伤赔偿还是其他类型的赔偿。不同赔偿项目，其计算基数和标准可能不同。以经济补偿金为例，根据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，且应按应发工资计算。
- 劳动合同约定：其次，需审查劳动合同中是否有关于赔偿标准的特别约定。如果合同中有明确约定，且该约定不违反法律强制性规定，那么公司按合同约定赔偿可能是合法的。但若合同约定低于法定标准，您有权要求公司按法定标准赔偿。
- 实际工资构成：再次，需了解您的实际工资构成。实发工资是扣除社保、公积金个人部分及个税后的工资，而应发工资是税前工资。如果公司仅按实发工资赔偿，可能损害了您的合法权益，因为社保、公积金个人部分及个税也是您工资的一部分。
- 维权途径：如果公司未按应发工资标准赔偿，您可以通过与公司协商、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径维护自己的合法权益。在维权过程中，建议您收集好相关证据，如工资条、银行流水、劳动合同等，以证明您的实际工资水平和公司的赔偿行为。
建议：
- 与公司沟通：首先，尝试与公司沟通，明确表达您的诉求和依据，要求公司按应发工资标准进行赔偿。
- 咨询专业意见：如果公司拒绝或未给予合理回应，建议您咨询专业律师或劳动仲裁机构，了解具体的法律程序和维权策略。
- 准备证据材料：在维权过程中，务必准备好相关证据材料，以支持您的诉求。
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