结论前置：工资发放时扣除额外工资是否合法，需根据扣除的具体原因和性质来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 合法扣除的情况：

   • 法定扣除：根据《工资支付暂行规定》及相关法律法规，用人单位可以依法从员工工资中扣除某些费用，如个人所得税、社会保险费、住房公积金等。这些扣除是法定的，且通常会在工资条中明确列出扣除项目和金额，员工对此应有清晰的了解。
   • 约定扣除：如果用人单位与员工在劳动合同或规章制度中明确约定了某些扣除项目，如因员工违反公司规定而产生的罚款、赔偿等，且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位在符合约定条件的情况下扣除相应工资是合法的。但需要注意的是，这种扣除应当合理，且不得超过员工当月工资的20%（若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付）。

2. 非法扣除的情况：

   • 无合法依据扣除：如果用人单位未经员工同意，擅自扣除员工工资，且没有合法的扣除依据（如法定扣除或约定扣除），那么这种扣除就是非法的。员工有权要求用人单位补发被扣除的工资，并可能因此向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
   • 超额扣除：即使存在合法的扣除依据，如果用人单位扣除的金额超过了法定或约定的限额，那么超额部分也是非法的。员工同样有权要求用人单位补发超额扣除的工资。

法律建议：

• 核对工资条：员工应仔细核对工资条，了解工资构成和扣除项目，确保每一项扣除都有合法依据。
• 与用人单位沟通：如果员工对工资扣除有疑问或不满，应及时与用人单位沟通，要求用人单位提供扣除的合法依据和计算方式。
• 寻求法律援助：如果员工认为用人单位的工资扣除行为非法，且无法与用人单位协商解决，可以向当地劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 如果用人单位非法扣除员工工资，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令限期支付劳动报酬、加付赔偿金等。
• 员工因用人单位非法扣除工资而提起劳动仲裁或诉讼的，如果胜诉，用人单位还需承担员工因此产生的合理费用，如律师费、诉讼费等。

总之，工资发放时扣除额外工资是否合法，需根据具体情况判断。员工应了解自己的权益和用人单位的扣除依据，必要时寻求法律援助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。