生态环境行政处罚办法中调查终止并不意味着不处罚，是否处罚需视具体情况而定。以下是对此问题的详细分析：
一、调查终止的适用情形
根据《生态环境行政处罚办法》第三十六条，案件调查终止主要适用于行政相对人主体灭失，且该灭失导致案件调查无法继续进行的情形。这里的行政相对人主体灭失包括涉嫌违法的自然人死亡和涉嫌违法的法人、其他组织类市场主体的终止。但需注意，对于法人或其他组织类市场主体的终止，还需满足无其他市场主体承受其权利义务的条件。例如，若涉嫌违法的法人或其他组织被兼并或重组而注销，但由新的市场主体承受了其权利义务，则案件调查仍可继续。
二、调查终止与处罚的关系
调查终止不必然导致不处罚：调查终止只是行政执法过程中的一个环节，它并不直接决定是否对违法行为进行处罚。即使调查终止，如果后续发现存在应处罚的违法行为，生态环境部门仍可依法进行处罚。
恶意注销逃避处罚的情况：实践中，存在部分市场主体在行政执法调查阶段利用简易注销登记的便利，通过提供虚假材料、作出虚假承诺等方式恶意注销以逃避法律责任。对于这种情况，生态环境部门不应以行政相对人主体已灭失为由而终止案件调查。相反，应依据相关规定申请撤销注销登记，并建议市场主体登记机关对恶意注销的行为人依法予以行政处罚。
三、具体案例分析
案例一：若某企业在生态环境部门立案调查前已合法注销，且无其他市场主体承受其权利义务，导致案件调查无法继续进行，此时可进入调查终止程序。但若后续发现该企业注销前存在应处罚的违法行为，生态环境部门仍可依法追究其法律责任（如通过其他途径找到责任主体或依据相关证据进行处罚）。
案例二：若某企业在生态环境部门立案调查后或采取行政强制措施后、尚未作出行政处罚决定前已恶意注销，此时生态环境部门不得以行政相对人主体已灭失为由而终止案件调查。相反，应依据相关规定申请撤销注销登记，并继续调查处理该企业的违法行为。
四、法律建议
及时掌握行政相对人主体资格存续状态：生态环境部门在调查过程中应及时掌握行政相对人的主体资格存续状态，发现行政相对人已注销登记的情况时，应严格分析是否适用调查终止。
依法打击恶意注销行为：对于恶意注销以逃避法律责任的行为，生态环境部门应依法申请撤销注销登记，并建议市场主体登记机关对行为人依法予以行政处罚。
保障当事人知情权：在调查过程中，生态环境部门应通过适当方式告知行政相对人本案已处于立案调查状态，以预防当事人简易注销登记后辩称不知晓有关立案调查情况。
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