在生态环境调查期间若发现新的违法行为，应当根据违法行为的性质、情节以及调查阶段的具体情况，依法采取相应的处理措施。以下是具体分析：

1. 立即固定证据并展开调查
   调查机关在发现新违法行为后，应第一时间对现场进行勘查、取证（如拍照、录像、采样等），并制作详细的调查笔录。若新违法行为与原调查事项存在关联性（如同一污染源导致的不同环境损害），可合并调查；若完全独立，则需另行立案处理。
   法律依据：根据《环境行政处罚办法》第24条，环境执法人员有权对现场进行检查，并要求当事人提供相关材料。

2. 区分违法行为性质，适用不同程序

   • 若新违法行为情节轻微：可依据《行政处罚法》第33条，通过责令改正、警告等柔性措施处理，同时督促当事人限期整改。
     
   • 若情节严重或涉嫌犯罪：需立即将案件移送公安机关立案侦查（如非法排放、倾倒危险废物等），并同步向生态环境主管部门报告，避免以罚代刑。
     法律依据：《环境保护法》第69条明确规定，对严重污染环境的行为，公安机关应依法追究刑事责任。

3. 合并处理与单独处理的选择

   • 合并处理：若新违法行为与原调查事项基于同一事实或同一主体（如企业未批先建且超标排污），可合并为一个案件，按“从一重处”原则处罚（即选择较重的违法行为定性处罚）。
     
   • 单独处理：若新违法行为与原调查事项无直接关联（如企业偷排废水后，又发现其篡改监测数据），则需分别立案，独立作出行政处罚决定。
     实践提示：合并处理需确保各违法行为之间存在逻辑关联性，避免因程序瑕疵导致处罚被撤销。

4. 注意程序合法性，保障当事人权利
   无论合并还是单独处理，均需严格履行法定程序：

   • 告知当事人新违法事实、处罚依据及陈述申辩权；
     
   • 依法举行听证（若当事人申请且符合听证条件）；
     
   • 作出处罚决定后，及时送达当事人并告知救济途径。
     风险提示：若程序违法（如未告知陈述申辩权），可能导致处罚决定被法院撤销。

5. 加强跨部门协作与信息共享
   若新违法行为涉及多领域（如同时违反水污染防治法和固体废物污染环境防治法），调查机关应与相关主管部门（如水利、城管等）建立联动机制，避免重复执法或监管空白。
   政策依据：生态环境部《关于优化生态环境保护执法方式提高执法效能的指导意见》明确要求，加强部门间协同执法，形成监管合力。

总结：生态环境调查期间发现新违法行为，关键在于“快速响应、依法分类、程序严谨”。若您遇到具体案件，可进一步提供违法行为细节（如主体、行为类型、损害后果等），我将为您分析具体处理路径。