对于环境违法两年内三次被查处的情况，处理方式会依据违法行为的性质、情节以及造成的后果等因素综合判定，主要涉及行政处罚、刑事责任追究以及信用惩戒等多个层面。以下分情况详细说明：

1. 行政处罚层面

   • 累进处罚原则：根据《环境保护法》第五十九条及《行政处罚法》第三十六条，若企业或个人在两年内因环境违法行为多次受到行政处罚，环保部门可依法从重处罚。例如，首次违法可能处以罚款，第二次违法罚款金额可能提高，第三次违法除高额罚款外，还可能面临责令停产整治、吊销排污许可证等更严厉措施。
   • 按日连续处罚：若违法行为持续存在（如超标排放污染物未整改），环保部门可依据《环境保护法》第五十九条实施按日连续处罚，即从责令改正之日的次日起，按原处罚数额按日连续计算罚款，直至违法行为终止。

2. 刑事责任追究层面

   • 污染环境罪：若两次以上违法行为构成《刑法》第三百三十八条规定的“污染环境罪”（如非法排放、倾倒、处置危险废物三吨以上），将面临三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
   • 从重处罚情节：根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理环境污染刑事案件适用法律若干问题的解释》，两年内曾因违反国家规定，排放、倾倒、处置有放射性的废物、含传染病病原体的废物、有毒物质受过两次以上行政处罚，又实施前列行为的，应当认定为“严重污染环境”，直接构成犯罪。

3. 信用惩戒与联合惩戒层面

   • 环境信用评价：根据《企业环境信用评价办法（试行）》，多次违法的企业将被评定为“环保不良企业”（红牌），面临环保部门重点监管、限制享受环保财政资金补贴、限制参与政府采购等惩戒措施。
   • 跨部门联合惩戒：依据《关于对环境保护领域失信生产经营单位及其有关人员开展联合惩戒的合作备忘录》，失信主体可能在市场准入、融资贷款、资质评定等方面受到限制，形成“一处违法、处处受限”的格局。

建议：若您或您的企业面临此类情况，应立即停止违法行为，积极配合环保部门调查，主动整改并修复环境损害，争取从轻或减轻处罚。同时，建议委托专业律师协助处理行政复议、行政诉讼或刑事辩护等法律程序，最大限度维护合法权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。