员工因感染基孔肯雅热被隔离期间，用人单位是需要支付工资的。以下从不同角度为您详细分析：

法律角度

根据《中华人民共和国传染病防治法》第四十一条规定：“对已经发生甲类传染病病例的场所或者该场所内的特定区域的人员，所在地的县级以上地方人民政府可以实施隔离措施，并同时向上一级人民政府报告；接到报告的上级人民政府应当即时作出是否批准的决定。上级人民政府作出不予批准决定的，实施隔离措施的人民政府应当立即解除隔离措施。在隔离期间，实施隔离措施的人民政府应当对被隔离人员提供生活保障；被隔离人员有工作单位的，所在单位不得停止支付其隔离期间的工作报酬。”虽然基孔肯雅热可能并未明确列为甲类传染病，但此条款体现了在传染病隔离期间，员工工资支付的原则，即隔离不等于停工，单位应保障员工的基本生活和工作报酬。

同时，《中华人民共和国劳动法》第五十一条也规定：“劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。”虽然此条款未直接提及隔离期，但隔离期可视为员工因公共卫生事件而无法正常工作的特殊时期，类似于依法参加社会活动的情况，因此用人单位也应支付工资。

实际操作角度

1. 劳动合同约定：首先，应查看劳动合同中是否有关于隔离期间工资支付的约定。如果合同中有明确规定，则按照合同执行。

2. 单位规章制度：如果劳动合同中没有约定，则应查看单位的规章制度。一些单位可能会制定关于传染病隔离期间工资支付的政策，员工应了解并遵守。

3. 协商与沟通：如果劳动合同和单位规章制度中都没有明确规定，员工应与用人单位进行协商，明确隔离期间的工资支付问题。在协商过程中，员工可以引用相关法律法规，维护自己的合法权益。

特殊情况处理

如果员工因感染基孔肯雅热而长时间无法工作，且隔离期结束后仍需治疗或休息，此时工资支付问题可能更为复杂。根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。在医疗期内，用人单位应按照不低于当地最低工资标准的80%支付员工病假工资或疾病救济费。

建议：

• 员工在隔离期间应保留好相关证据，如隔离通知、医疗证明等，以备不时之需。
• 如果用人单位拒绝支付隔离期间的工资，员工可以先与用人单位进行协商，协商无果的可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

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