核心结论：扶贫企业未经政府同意将厂房出租，可能涉及违规操作，需根据具体情况采取补救措施或承担法律责任。以下是具体分析：

1. 扶贫企业厂房出租的合规性审查

• 政策依据：扶贫企业通常享受政府税收减免、财政补贴等优惠政策，其厂房建设或使用可能附带特定条件（如必须用于扶贫项目、禁止转租等）。若出租行为违反政策约定，可能构成违约。
• 合同审查：需核查企业与政府签订的协议、土地出让合同或补贴协议中是否明确禁止转租。若有禁止性条款，出租行为可能无效，政府有权要求收回厂房或追偿损失。

2. 政府知情后的处理路径

• 协商补救：企业应主动向政府说明情况，提出补救方案（如终止出租、调整租金用途等），争取政府谅解。若政府同意，可签订补充协议明确后续使用规则。
• 行政处罚风险：若政府认定出租行为违规，可能依据《行政处罚法》对企业处以罚款、收回补贴或取消扶贫资格等处罚。
• 合同解除与赔偿：若出租导致政府无法实现扶贫目标（如就业、税收等），政府可能依据《民法典》解除合作协议，并要求企业赔偿损失。

3. 法律责任分析

• 民事责任：若出租行为损害第三方利益（如承租方因厂房违规使用遭受损失），企业可能面临赔偿诉讼。
• 行政责任：违反地方扶贫政策或行业规定的，可能被行政机关责令整改、罚款，甚至影响企业信用评级。
• 刑事责任：若企业通过虚假申报获取扶贫资格后转租牟利，可能涉嫌诈骗罪，需承担刑事责任。

4. 建议行动步骤

• 立即自查：核对所有与政府签订的协议、政策文件，确认出租行为是否违规。
• 主动沟通：向政府提交书面报告，说明出租原因、承租方情况及补救措施，争取协商解决。
• 法律合规整改：若出租行为确属违规，应尽快终止合同，恢复厂房原定用途，避免损失扩大。
• 咨询专业支持：如涉及复杂法律关系或政府处罚，可进一步向我咨询具体应对方案。

提示：扶贫企业享受政策红利的同时，需严格遵守约定用途。若已发生违规出租，建议优先通过协商化解风险，必要时可委托律师介入谈判或应对行政程序。如有后续问题，可直接向我提问。