核心结论：公司倒闭后将厂房租给别人且厂房占用了基本农田，这一行为涉及违法占地及可能存在的合同效力问题，需从行政处罚、合同效力、民事赔偿等多个角度处理。以下是具体分析：

1. 行政处罚角度：违法占用基本农田的法律责任

根据《土地管理法》第七十七条，未经批准非法占用土地（尤其是基本农田）的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还土地，限期拆除在非法占用土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，并可处以罚款（罚款标准为每平方米100元以上1000元以下，具体根据占用面积和情节严重程度确定）。
关键点：

• 若厂房确实建在基本农田上，无论公司是否倒闭，均需承担行政责任，包括拆除建筑物、罚款等。
  
• 承租方若明知土地性质仍继续使用，也可能被认定为共同违法，面临连带处罚。

2. 合同效力角度：租赁合同的法律效力

根据《民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规强制性规定的民事法律行为无效。基本农田属于国家严格保护的耕地，未经批准不得改变用途，因此：

• 租赁合同可能无效：若厂房占用基本农田未取得合法审批手续，租赁合同因违反《土地管理法》的强制性规定而无效。
  
• 合同无效的后果：根据《民法典》第一百五十七条，合同无效后，因该合同取得的财产应当返还；不能返还或没必要返还的，应折价补偿；有过错的一方需赔偿对方损失（如承租方因合同无效产生的搬迁费用等）。

3. 民事赔偿角度：损失分担与责任划分

• 出租方（原公司）的责任：若公司明知土地性质仍出租，需承担主要过错责任，可能需赔偿承租方因合同无效产生的直接损失（如装修费用、搬迁费用等）。
  
• 承租方的责任：若承租方未尽到合理审查义务（如未核实土地性质、规划许可等），也需承担部分过错责任，损失分担比例由法院根据双方过错程度判定。
  
• 公司倒闭后的责任承担：若公司已注销，其股东或清算组未依法清算的，可能需对公司债务承担连带责任；若公司未注销但无力赔偿，承租方可申请强制执行公司财产。

4. 实务建议：如何处理当前纠纷

1. 立即停止违法行为：承租方应停止使用厂房，避免扩大损失；出租方（或清算组）应配合拆除建筑物、恢复土地原状。
   
2. 协商解决：双方可协商退还租金、赔偿损失等事宜，签订书面协议明确责任分担。
   
3. 行政投诉或诉讼：若协商无果，承租方可向自然资源部门举报出租方违法占地行为，或向法院起诉确认合同无效并要求赔偿。
   
4. 关注公司清算程序：若公司已进入清算阶段，承租方应及时申报债权，参与分配公司剩余财产。

总结：公司倒闭后将占用基本农田的厂房出租，涉及行政处罚、合同无效及民事赔偿等多重法律问题。建议双方优先协商解决，若无法达成一致，可通过行政投诉或诉讼途径维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。