当您的农田被他人霸占时，您可以按照以下步骤来处理，以确保您的合法权益得到维护：
一、收集并保留证据
首先，您需要收集能够证明您对农田拥有合法权益的所有证据。这些证据包括但不限于：
这些证据在后续的协商、调解、仲裁或诉讼过程中将起到至关重要的作用。
二、尝试协商解决
在收集了足够的证据后，您可以尝试与霸占者进行协商，明确告知其行为已经侵犯了您的合法权益，并要求其停止侵占行为，归还农田，并赔偿因此造成的损失。在协商过程中，建议您保持冷静，避免发生冲突，并尽量保留协商的记录或录音。
三、向相关部门反映并申请调解或仲裁
如果协商无果，您可以向当地的村委会、乡镇政府或农村土地承包经营纠纷调解仲裁机构反映情况，并申请调解或仲裁。这些机构会根据相关事实和法律规定，对纠纷进行公正的处理。在申请调解或仲裁时，您需要提交之前收集的所有证据，并详细陈述您的诉求和理由。
四、向人民法院提起诉讼
如果您对调解或仲裁的结果不满意，或者霸占者拒绝履行调解或仲裁的裁决，您有权向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要提交充分的证据来证明您的诉求，并积极参与庭审过程。法院会根据双方提交的证据和法律规定，作出公正的判决。
五、后续处理
在成功维权后，您还需要关注一些后续问题。比如，如果农田因霸占行为导致地力受损或农作物减产，您可以要求霸占者进行恢复和赔偿。同时，如果霸占者在霸占期间在农田上违规建设了一些设施，您需要按照相关程序进行清理和处置。
总之，面对农田被霸占的情况，您需要保持冷静，积极收集证据，并通过合法途径来维护自己的合法权益。在整个过程中，妥善保存证据和文件是非常重要的，它们将是您维权的有力武器。