在编护士休病假三天被扣工资是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 病假工资支付规定

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》及相关地方性法规，员工在病假期间，用人单位应按照一定比例支付病假工资或疾病救济费。具体比例可能因地区而异，但通常不会低于当地最低工资标准的80%。若单位扣发的工资未超过法定比例，则可能合法；若超过，则可能不合法。

举例：假设某地最低工资标准为2000元/月，病假工资支付比例为80%，则员工每月病假工资至少应为1600元。若员工月工资为5000元，休病假三天（按一个月30天计算，约0.1个月），则病假期间应得工资至少为160元（1600元/月×0.1月）。若单位扣发超过此数额，则可能不合法。

2. 单位规章制度

单位内部可能有关于病假工资支付的规章制度。若这些制度经过民主程序制定，且不违反法律法规的强制性规定，则对员工具有约束力。但单位规章制度不得低于法定最低标准。

建议：员工应查阅单位规章制度，了解病假工资支付的具体规定，并与法律法规进行对比。

3. 劳动合同约定

劳动合同中可能对病假工资支付有特别约定。若约定合法且不低于法定标准，则按合同执行；若约定违法或低于法定标准，则约定无效，应按法律法规执行。

举例：若劳动合同中约定病假期间工资按正常工资的50%支付，但当地最低工资标准的80%高于此比例，则该约定因低于法定标准而无效。

4. 特殊情况

• 事业单位性质：在编护士通常属于事业单位工作人员，其工资福利可能受《事业单位人事管理条例》等特别规定调整。需查阅相关条例及单位具体规定。
• 病假天数与工资扣发关系：部分单位可能规定，病假天数达到一定标准后，工资扣发比例会有所变化。但无论如何变化，均不得违反法律法规的强制性规定。

法律建议

1. 核实单位规定：首先核实单位关于病假工资支付的规章制度及劳动合同中的相关约定。
2. 对比法律法规：将单位规定与法律法规进行对比，判断单位行为是否合法。
3. 协商与投诉：若认为单位行为不合法，可先与单位协商；协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

若遇到具体问题，可直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律建议。