结论：关于科室二次分配奖金考核内容本人不知情且职工代表大会通过的情况下，扣发全部奖金是否合法，不能一概而论，需结合具体情况分析。

分析：

1. 奖金分配制度的合法性：

   • 首先，要确认科室二次分配奖金的考核内容及分配制度是否经过了合法的民主程序制定，比如是否经过了职工代表大会或全体职工的讨论，并是否与工会或职工代表进行了平等协商。如果这一制度是依法制定并公示的，那么它本身具有合法性。
   • 然而，即便制度合法，如果职工对考核内容完全不知情，这可能涉及到程序上的瑕疵。职工有权了解与其切身利益相关的规章制度，单位有义务进行公示或告知。

2. 扣发奖金的合法性：

   • 扣发奖金是否合法，关键在于是否违反了劳动合同的约定或相关法律法规。如果劳动合同中明确规定了奖金的发放条件和标准，且扣发行为符合这些规定，那么扣发可能是合法的。
   • 但如果扣发行为没有明确的合同依据或法律依据，或者扣发的原因与劳动合同或规章制度不符，那么扣发行为可能构成违法。特别是当职工对考核内容不知情时，扣发全部奖金可能缺乏合理的依据。

3. 职工代表大会的通过效力：

   • 职工代表大会的通过并不意味着所有决策都绝对合法或合理。如果决策过程存在瑕疵，比如未充分告知职工或未听取职工意见，那么该决策可能受到质疑。
   • 此外，即使决策经过了职工代表大会的通过，但如果其内容违反了法律法规或劳动合同的约定，那么该决策仍然可能被认定为无效。

4. 建议与后续行动：

   • 如果您认为扣发奖金的行为不合法，您可以先与单位进行沟通，要求单位提供扣发奖金的合法依据。
   • 如果沟通无果，您可以考虑向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

总结：科室二次分配奖金考核内容本人不知情且职工代表大会通过的情况下，扣发全部奖金是否合法需结合具体情况判断。如果制度制定程序存在瑕疵、扣发行为缺乏合理依据或违反了法律法规和劳动合同的约定，那么扣发行为可能构成违法。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。