结论：科室根据操作考核成绩分配工资，考不好的扣大部分绩效是否合法，需分情况讨论。一般来说，若用人单位的规章制度或劳动合同中有明确规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法可能是合法的；但若没有相关规定或规定违反法律法规，则这种做法不合法。

分析如下：

1. 规章制度或劳动合同有明确规定：

   • 如果用人单位的规章制度或劳动合同中明确规定了根据操作考核成绩分配工资，且考不好会扣大部分绩效，同时该规章制度或劳动合同的制定程序合法（如经过民主程序制定、已向劳动者公示等），且内容不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。同时，该规章制度应当向劳动者公示。

2. 规章制度或劳动合同无明确规定，或规定违反法律法规：

   • 如果用人单位的规章制度或劳动合同中没有明确规定根据操作考核成绩分配工资，或者规定的内容违反了法律法规的强制性规定（如扣减绩效的比例过高，导致劳动者工资低于当地最低工资标准等），那么这种做法是不合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。如果扣减绩效后，劳动者的工资低于当地最低工资标准，那么用人单位的做法就是违法的。

建议：

• 对于劳动者：如果认为用人单位的做法不合法，可以先与用人单位进行协商，要求用人单位按照规章制度或劳动合同的规定支付工资。如果协商不成，可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于用人单位：在制定规章制度或劳动合同时，应当明确规定工资分配的方式和标准，且该规定应当合法、合理、公平。同时，在执行过程中，应当严格按照规定执行，避免出现违法违规的情况。

示例：

假设某用人单位的规章制度中规定：“根据操作考核成绩分配工资，考得好的员工可以获得全额绩效，考得不好的员工将扣减大部分绩效。”如果该规章制度是经过民主程序制定、已向劳动者公示，且扣减绩效后劳动者的工资仍不低于当地最低工资标准，那么这种做法就是合法的。反之，如果规章制度中没有这样的规定，或者扣减绩效后劳动者的工资低于当地最低工资标准，那么这种做法就是不合法的。

如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。