结论前置：以绩效考核变相扣工资通常是不合法的，但具体是否合法需结合实际情况判断。若用人单位的绩效考核制度合法、合理且经过民主程序制定，同时劳动合同中有明确约定，且扣除后工资不低于当地最低工资标准，则可能合法；反之，则不合法。
合法情形分析
制度依据与民主程序：
- 用人单位必须依法制定绩效考核制度，该制度需经过职工代表大会或全体职工讨论，确保制度的合理性和公正性。
- 绩效考核制度应明确考核标准、考核周期、考核结果的应用等关键内容，并向劳动者公示或告知。
劳动合同中的明确约定：
- 劳动合同中应明确载明绩效工资与绩效考核结果的挂钩关系，包括具体的挂钩方式和扣减情形。
- 若劳动合同中有此类约定，且用人单位能证明员工绩效未达标，则按照合同约定扣减绩效工资通常是合法的。
合理的绩效考核标准与证据支持：
- 绩效考核标准应设定得合理、明确，不超出员工正常能力范围，且易于理解和执行。
- 用人单位需有充分的证据证明员工的绩效确实未达到考核标准，如员工签字确认的绩效评估表、工作任务完成记录等。
扣除后工资不低于最低工资标准：
- 即使扣除绩效工资，劳动者的工资收入也不得低于当地最低工资标准，这是保障劳动者基本生活权益的重要底线。
非法情形分析
缺乏制度依据或未经民主程序：
- 若用人单位没有相关的绩效考核制度，或虽有制度但未经法定的民主程序制定，则随意以绩效考核为由扣绩效工资是不合法的。
考核标准不合理或不明确：
- 绩效考核标准若设定得过于苛刻、不合理，或模糊不清，使员工无法明确知道如何达到考核要求，则以此为依据扣减绩效工资是不合法的。
滥用绩效考核扣工资：
- 用人单位不得以绩效考核为手段进行恶意扣减或无故克扣工资，如为降低成本而故意将大部分员工评定为不达标并扣绩效工资，这种行为是违法的。
劳动合同或规章制度无相关约定：
- 若劳动合同或企业规章制度中没有明确约定绩效工资，或用人单位单方面从原有固定工资中拆分出一部分作为绩效工资，则无权以绩效考核为由扣除绩效工资。
员工权益保护与救济途径
沟通协商：
- 员工在遭遇绩效工资变相扣减时，首先应与用人单位进行沟通协商，要求明确绩效工资的计算方式和扣除依据。
投诉与仲裁：
- 若协商不成，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。劳动监察部门将对公司行为进行调查处理，保障员工合法权益。在投诉或申请仲裁时，员工需提供充分证据支持自己的主张，如劳动合同、工资单、绩效评估记录等。
法律诉讼：
- 若劳动仲裁结果不满意，员工还可以向法院提起诉讼。法院将根据事实和法律规定作出公正裁决，要求用人单位补发工资并可能承担其他法律责任。
实际案例与法律后果
在实际案例中，法院已多次判决用人单位因未能提供充分证据证明其扣减绩效工资的合理性而需补发劳动者的绩效工资并支付经济补偿。这强调了用人单位在制定和执行绩效考核制度时，必须严格遵守相关法律法规和劳动合同约定，确保考核的公平公正和合法合规。
总结与建议：作为劳动者，若认为用人单位以绩效考核变相扣工资的行为不合法，首先应尝试与用人单位进行协商沟通；协商不成时，可及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。同时，建议劳动者在签订劳动合同时，仔细阅读合同条款，特别是关于绩效工资和绩效考核的部分，确保自己的权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。