针对您提出的“侵占农田保护区怎么处理”的问题，这是一个涉及法律与行政管理的严肃议题。侵占农田保护区不仅违反了国家关于土地管理和农田保护的相关法律法规，也损害了农民的合法权益和国家的粮食安全。以下是我为您详细梳理的处理流程和建议：

一、明确侵占行为的违法性

首先，需要明确的是，任何单位和个人都不得侵占或损坏基本农田保护区的设施，这是《基本农田保护条例》等法律法规的明确规定。侵占行为可能包括非法占用农田进行建设、挖砂、取土、堆放固体废弃物等，这些行为都会对农田造成不可逆的损害。

二、优先尝试协商解决

在发现侵占行为后，建议首先尝试与侵占方进行友好协商。通过直接沟通，明确指出其行为的违法性，并要求其立即停止侵占行为，恢复农田原状。在协商过程中，务必保留好所有沟通记录，如短信、聊天记录或通话录音等，以备后续可能需要作为证据使用。

三、申请基层调解

如果协商无果，您可以向本村村民委员会提出调解申请。村委会作为基层群众性自治组织，对本村土地情况了解深入，能够更有效地组织双方进行调解。若村委会调解未能达成满意结果，您还可以进一步向乡镇政府申请调解。乡镇政府有责任处理本行政区域内的土地纠纷，将依据相关法律法规和实际情况，公正、合理地进行调解。

四、向自然资源主管部门举报

若基层调解仍无法解决问题，您应向当地自然资源主管部门（如国土部门）进行举报。举报时，需提供充分的证据材料，如土地承包合同、农田照片、视频等，以证明自己对该农田的合法权益及农田被侵占的事实。自然资源主管部门接到举报后，将依法进行调查处理，并根据调查结果采取相应的法律措施，包括但不限于责令退还非法占用的土地、限期拆除违法建筑、恢复土地原状、罚款等。

五、考虑提起民事诉讼

如果行政途径未能有效解决问题，您有权向人民法院提起民事诉讼，要求侵占方承担民事责任。在诉讼过程中，您需提供充分的证据支持自己的主张，包括土地使用权证、承包合同、现场照片、损失证明等。法院将依法审理案件，若认定侵占方构成侵权，将判决其停止侵害、排除妨碍、返还农田并赔偿损失。

六、追究刑事责任（如适用）

值得注意的是，如果侵占农田的行为达到犯罪标准，将依法追究刑事责任。根据《刑法》相关规定，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大且造成农用地大量毁坏的，将面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的刑罚。自然资源主管部门在调查过程中若发现犯罪行为，将移送司法机关处理；您也可直接向司法机关报案并提供相关线索和证据。

总结与建议

侵占农田保护区是严重的违法行为，受害者应积极采取措施维护自身合法权益。在处理过程中，建议您根据实际情况灵活选择解决途径，并注意收集和保留好相关证据材料。同时，也呼吁社会各界共同关注农田保护问题，共同营造和谐稳定的土地环境。如果您在处理过程中遇到任何困难或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业律师或相关法律机构。