当您的农田被侵占时，您可以按照以下步骤来处理这一问题，以维护自己的合法权益：
一、尝试协商解决
首先，您可以尝试与侵占方进行直接沟通，明确告知其侵占行为是违法的，并要求其停止侵权行为，归还被侵占的农田。通过友好协商，您可能能够达成双方都能接受的解决方案，比如确定合理的土地使用界限或补偿方式。
二、寻求调解帮助
如果协商无果，您可以向当地的村委会、乡镇政府或相关农业管理部门寻求调解帮助。这些部门对农村情况较为熟悉，能够依据相关法律法规和村规民约，从中斡旋，促使双方达成和解。调解过程中，您应提供充分的证据来支持自己的主张，如土地承包合同、土地权属证书等。
三、申请仲裁
若调解仍然无法解决问题，您可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁。在申请仲裁时，您需要提交仲裁申请书及相关证据，仲裁机构会依法审理并作出裁决。仲裁结果具有一定的权威性，如果双方对裁决结果无异议，则应按照裁决结果执行。
四、提起诉讼
如果您对仲裁结果不服，或者无法通过仲裁解决纠纷，您还可以向人民法院提起诉讼。在提起诉讼前，您应准备好起诉状和证明耕地归属及被侵占的证据，如土地承包合同、土地权属证书、现场照片、视频以及证人证言等。法院将依法审理案件，并判定土地归属及侵权责任，通过法律强制力保障您的合法权益。
五、举报违法行为
如果侵占行为违反了土地管理法规，您还可以向县级以上人民政府土地行政主管部门举报，追究其行政责任。相关部门将对举报进行调查，并根据调查结果采取相应的行政措施。
六、注意事项
希望以上建议能够帮助您有效处理农田被侵占的问题。如果您在维权过程中遇到任何困难或疑问，建议咨询专业律师或相关法律机构以获取更具体的法律帮助。