核心结论：若永久农田承包地被侵占，可通过协商解决、寻求行政救济、提起民事诉讼、涉及犯罪时追究刑事责任等途径来处理。以下是详细说明：
- 协商解决
- 主动沟通：首先可以尝试与侵占方进行友好、平和的沟通协商。向其明确指出该农田是自己依法承包的永久农田，其侵占行为侵犯了自己的合法权益，要求其停止侵占行为，返还被侵占的土地。在协商过程中，要注意保留好沟通的记录，比如聊天记录、通话录音等，以备后续可能需要的证据使用。
- 达成协议：如果双方能够达成一致意见，可以签订书面的协议，明确返还土地的时间、方式以及违约责任等内容，确保协议具有可操作性和约束力。
- 寻求行政救济
- 向农村土地承包仲裁机构申请仲裁：根据《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》的规定，当事人可以就农村土地承包经营纠纷向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁。你需要准备好相关的证据材料，如土地承包合同、土地权属证书、侵占现场的照片或视频等，向当地的农村土地承包仲裁机构提出仲裁申请。仲裁机构会依法进行审理并作出裁决，裁决具有法律效力，如果侵占方不履行裁决，你可以向人民法院申请强制执行。
- 向农业农村主管部门投诉：农业农村主管部门负责对农村土地承包经营进行管理和监督。你可以向当地的农业农村局或乡镇人民政府的农业农村办公室等部门反映情况，要求他们介入调查处理。相关部门会根据具体情况，对侵占方进行批评教育、责令限期改正等处理措施，以维护你的合法权益。
- 提起民事诉讼
- 确定诉讼请求：如果协商和行政救济都无法解决问题，你可以向人民法院提起民事诉讼。在起诉时，要明确自己的诉讼请求，例如要求侵占方停止侵害、返还被侵占的土地、赔偿因侵占行为给你造成的经济损失等。
- 准备证据材料：为了支持自己的诉讼请求，你需要准备充分的证据材料。除了前面提到的土地承包合同、土地权属证书、侵占现场的证据外，还可以提供因土地被侵占而导致的农作物减产、收入减少等方面的证据，如农业收入账目、农作物评估报告等。
- 遵循诉讼程序：按照民事诉讼法的规定，向有管辖权的人民法院提交起诉状和相关证据材料，缴纳诉讼费用。法院会依法受理案件，并进行审理。在审理过程中，你要积极配合法院的调查和审理工作，按时出庭参加诉讼活动。法院会根据事实和法律作出判决，如果判决支持你的诉讼请求，侵占方应当履行判决义务。如果侵占方不履行判决，你可以向法院申请强制执行。
- 涉及犯罪时追究刑事责任
- 判断是否构成犯罪：如果侵占方的行为情节严重，例如以暴力、威胁等手段强行侵占土地，或者侵占土地数量较大、造成严重后果等，可能构成犯罪。常见的相关罪名有非法占用农用地罪等。
- 向公安机关报案：一旦发现侵占方的行为可能构成犯罪，你应当及时向当地公安机关报案。公安机关会依法进行立案侦查，收集相关证据，查明犯罪事实。如果犯罪事实清楚，证据确实充分，公安机关会将案件移送人民检察院审查起诉，最终由人民法院依法对犯罪分子进行审判和惩处。
在处理永久农田承包地被侵占的问题时，要根据具体情况选择合适的方法，并注意保留好相关证据，以维护自己的合法权益。如果你在这个过程中有任何疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。