当发现土地被侵占时，您可以按照以下步骤处理以维护自己的合法权益：
一、初步应对与证据收集
与侵权人协商：
- 首先尝试与侵权人进行友好协商，要求其停止侵占行为、返还土地并恢复原状。
- 在协商过程中，务必保留好相关证据，如录音、书面记录等，以备后续使用。
收集证据：
- 土地权属证明：如土地证、土地承包经营权证、宅基地使用证等，这是证明土地归属的关键证据。
- 现场照片与视频：记录侵占前后的土地状况，以及当前的侵占现状。
- 证人证言：寻找目睹侵占过程的邻居或其他人，获取他们的证言。
- 沟通记录：保留与侵权人沟通时的短信、邮件、聊天记录等，尤其是涉及侵占事实和协商情况的内容。
- 政府部门文件：如有土地管理部门或相关政府部门的调查材料、处理记录等，也是重要的证据。
二、寻求调解与投诉
请求调解：
- 若为农村集体土地，可向村委会或乡镇政府请求调解处理。
- 若涉及国有土地或调解无果，可向当地土地管理部门或农业农村行政主管部门投诉，请求其介入调查并责令侵权人停止侵权行为。
向土地管理部门投诉：
- 土地管理部门有权依据《土地管理法》对侵权行为进行处理，包括责令停止侵权行为、作出处罚等。
三、法律诉讼
提起诉讼：
- 若上述途径均无法解决问题，您可向人民法院提起民事诉讼，要求侵权人承担停止侵害、排除妨碍、返还土地以及赔偿损失等民事责任。
- 在诉讼过程中，需明确土地权属，提供充分的证据支持自己的诉求，并按照法院的要求完成举证。
诉讼注意事项：
- 确定适格被告，即明确侵权人的身份和联系方式。
- 提供土地来源、边界等证据，如土地出让合同、地界测绘图等。
- 注意诉讼时效限制，一般民事侵权诉讼时效为三年，要及时维权。
执行判决：
- 若法院作出有利于您的判决，但侵权人拒不履行，您可在规定期限内申请强制执行，通过法院强制手段让侵权人归还土地并赔偿损失。
四、后续事项处理
- 在处理完侵占问题后，您还需关注土地被侵占期间造成的经济损失赔偿问题。这包括土地预期收益的计算、土地上附属物（如农作物）受损的赔偿额度等。这些都需要与侵权人进行协商或通过法律途径解决。
综上所述，当发现土地被侵占时，您应首先尝试与侵权人协商并收集证据；若协商无果，可寻求调解或向土地管理部门投诉；若仍无法解决问题，则可通过法律诉讼途径维护自己的合法权益。在整个过程中，务必保持冷静、理性，并遵循法律法规的要求进行操作。