破坏农田保护区将面临行政处罚、刑事处罚以及民事赔偿责任，具体处罚情况需根据破坏行为的性质、程度及后果来判定。以下从不同角度进行详细分析：

一、行政处罚

根据《中华人民共和国土地管理法》第七十五条：“违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。”

1. 责令限期改正或治理：对于破坏农田保护区的行为，相关部门会首先责令行为人限期改正或治理，以恢复土地的原状和种植条件。
2. 罚款：在责令改正或治理的同时，相关部门还可以根据破坏行为的严重程度，对行为人处以罚款。罚款的具体数额会根据破坏的土地面积、程度以及造成的损失等因素来确定。

二、刑事处罚

如果破坏农田保护区的行为情节严重，构成犯罪的，将依法追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条：“违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。”

1. 非法占用农用地罪：如果行为人非法占用农田保护区，改变土地用途，且数量较大，造成土地大量毁坏的，将构成非法占用农用地罪，面临刑事处罚。
2. 量刑标准：根据犯罪情节的严重程度，行为人可能面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的刑罚。

三、民事赔偿责任

除了行政处罚和刑事处罚外，破坏农田保护区的行为人还可能需要承担民事赔偿责任。如果行为人的破坏行为导致农田保护区内的土地、农作物等受到损失，那么行为人需要赔偿因此造成的经济损失。

1. 赔偿范围：包括土地修复费用、农作物损失费用、因破坏行为导致的其他直接经济损失等。
2. 赔偿方式：赔偿方式可以根据实际情况进行协商，如果协商不成，可以通过诉讼等法律途径来解决。

四、特殊情况说明

如果破坏农田保护区的行为涉及多个责任主体，如企业、个人等，那么各责任主体之间可能需要承担连带责任。此外，如果行为人的破坏行为是在执行职务过程中发生的，那么其所在单位也可能需要承担相应的法律责任。

建议：农田保护区是保障国家粮食安全和农业可持续发展的重要基础，任何破坏农田保护区的行为都将受到法律的严惩。因此，建议广大民众严格遵守相关法律法规，不要随意破坏农田保护区。如果发现有人破坏农田保护区，应及时向相关部门举报。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。