公司使用两个账号换着发工资，本身并不必然违法，但需根据具体情况综合判断其合法性。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
合理财务安排与业务需求：
- 公司可能出于管理便利或特定的业务需求，如将基本工资、绩效奖金、补贴等通过不同的账号发放，以便分类核算和分析人力成本。这种做法在劳动合同或相关规章制度中有明确约定，且不违反法律法规的强制性规定时，是合法的。
- 员工因个人财务规划等合理需求，主动要求公司将工资分两个账号发放，并且公司依法履行了纳税申报等义务，这种情况下也是合法的。
员工同意与充分沟通：
- 在实施两个账号发放工资前，公司应与员工进行充分沟通，确保员工了解并接受这种工资发放方式。员工知晓并同意的情况下，公司采用两个账号发放工资是合法的。
非法情形与潜在风险
逃避税收与社保责任：
- 如果公司通过两个账号发放工资的目的是为了隐瞒员工的真实收入，逃避缴纳个人所得税以及公司应承担的社保等费用，这种行为是违法的。税务部门有权对公司进行调查和处罚，追缴少缴的税款、滞纳金，并处以罚款。情节严重的，还可能面临刑事处罚。
侵害员工权益：
- 公司通过两个账号发放工资时，若故意模糊工资构成和数额，导致在计算经济补偿金、加班工资等涉及以工资为基数的权益时少计算基数，从而侵害员工合法权益，这种行为也是非法的。员工有权向劳动监察等相关部门举报或投诉，以维护自身的合法权益。
劳动纠纷风险：
- 采用两个账号发放工资可能会增加劳动纠纷的风险。在发生劳动纠纷时，工资数额的调查可能会因为工资分散到多个账号上而变得复杂，给公司和员工都带来不必要的麻烦。
税务处理与合规建议
- 无论公司采用多少个账号发放工资，员工都需要按照实际收到的工资性收入总额来申报和缴纳个人所得税。个人所得税的计算是基于年度收入总额，而非单张工资卡的收入。公司应确保如实申报员工的工资收入，避免逃税行为。
- 公司应建立健全的财务管理制度，确保工资发放的合法性和透明度。在采用两个账号发放工资时，应明确工资构成和数额，并与员工进行充分沟通，以获得员工的同意和理解。
总结：公司使用两个账号换着发工资，其合法性取决于公司的动机、操作方式以及是否依法履行了相关义务。合法的工资发放应确保如实申报个人所得税，不逃避税收和社保责任，且不得侵害员工合法权益。如果公司对此有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。