结论前置：

1. 公司规定加班时间上限不具法律效力：公司内部规定的加班时间上限（如每天不超过3小时）若低于法定标准则无效，您有权要求公司按实际加班时间支付工资。
2. 公司行为涉嫌违法：公司未支付您第4小时的加班工资，违反了《劳动法》关于加班工资支付的规定，您有权要求公司补发工资并可能获得赔偿。

详细分析：

首先，我们需要明确的是，公司内部的规章制度，包括关于加班时间的规定，必须符合国家法律法规的要求。根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后，可以延长工作时间，但一般每日不得超过1小时；在特殊情况下，如确实需要更长时间的加班，且能保障劳动者身体健康，每日延长时间不得超过3小时，同时每月累计加班时间不得超过36小时。这是国家对加班时间的法定限制，公司内部的规章制度不能低于这个标准。

1. 关于公司规定的加班时间上限：

   • 如果公司规定的加班时间上限（如每天不超过3小时）低于法定标准（在特殊情况下可延长至3小时，但需保障劳动者健康），则该规定本身不具有法律效力。因为法律已经设定了最低的保护标准，公司不能通过内部规定来降低这个标准。
   • 在您的情况下，公司规定每天加班不能超过3小时，但您实际加班了4小时。公司只计算了3小时的加班工资，这明显违反了法律规定。因为无论公司内部如何规定，都不能剥夺您获得法定加班工资的权利。

2. 关于公司未支付第4小时加班工资的行为：

   • 根据《劳动法》的规定，安排劳动者延长工作时间的，需支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。这意味着，您加班的第4小时，公司应当支付您不低于正常工资150%的加班工资。
   • 公司未支付您第4小时的加班工资，属于违法行为。您有权要求公司补发这部分工资，并可能根据公司的违法情节，要求公司支付相应的赔偿。

3. 您的维权途径：

   • 您可以首先与公司进行协商，要求公司补发加班工资并支付相应的赔偿。
   • 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉举报，寻求政府部门的帮助。
   • 您还可以考虑通过法律途径解决，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。

总结与建议：

公司规定的加班时间上限若低于法定标准则无效，您有权要求公司按实际加班时间支付工资。公司未支付您第4小时的加班工资，违反了法律规定，您有权要求公司补发工资并可能获得赔偿。建议您首先与公司进行协商，如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉举报或通过法律途径解决。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。