针对您提出的问题，即合同上约定工作不超过八小时，加班不超过三个小时，但实际工作时间超过了这个限制，以下是我的详细解答：
结论：根据《劳动法》的相关规定，如果实际工作时间超过了合同约定的八小时，且加班时间超过了三小时，那么用人单位的行为可能违反了法律规定。您可以依法维护自己的权益，要求用人单位按照法律规定支付加班费或调整工作时间。
法律解释：
工作时间规定：
- 《劳动法》第三十六条规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
- 这意味着，正常情况下，您的工作时间不应超过八小时。
加班时间规定：
- 《劳动法》第四十一条规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
- 这表明，加班时间是有严格限制的，且需要经与工会和劳动者协商。
加班费支付：
- 《劳动法》第四十四条规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 如果用人单位安排了加班，就需要按照上述规定支付加班费。
建议：
- 与用人单位沟通：首先，您可以与用人单位沟通，了解超时工作的原因，并提出您的担忧和要求。要求用人单位遵守法律规定，调整工作时间或支付加班费。
- 保留证据：如果用人单位拒绝调整或支付加班费，您应该保留好相关证据，如工作记录、加班通知等，以便后续维权。
- 申请劳动仲裁：如果无法通过沟通解决，您可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总之，根据《劳动法》的相关规定，您的工作时间和加班时间都应受到保护。如果用人单位违反了法律规定，您可以依法维权。希望我的解答能对您有所帮助。