工商部门要求直接闭店整改是否合法，需分情况讨论：
若工商部门依据明确法律规定和法定程序要求闭店整改：
- 在此情况下，工商部门的行为是合法的。根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关法律法规，工商部门作为市场监管主体，有权对违反市场管理秩序、存在安全隐患或违法经营行为的企业进行查处。若企业存在严重违法违规行为，如销售假冒伪劣产品、未经许可从事特定经营活动等，且这些行为可能对消费者权益或市场秩序造成重大损害，工商部门在依法调查取证后，有权作出责令停业整顿、吊销营业执照等行政处罚决定。此时，要求企业闭店整改是工商部门履行其监管职责的合法行为。
若工商部门未遵循法定程序或缺乏明确法律依据要求闭店整改：
- 在此情况下，工商部门的行为可能构成违法。行政机关在行使职权时，必须严格遵守法定程序，确保行政行为的合法性和合理性。如果工商部门在未进行充分调查取证、未听取企业陈述申辩或未依法作出行政处罚决定的情况下，直接要求企业闭店整改，这可能违反了行政程序的基本原则，侵犯了企业的合法权益。此时，企业有权依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自身权益。
法律建议：
- 核实工商部门要求闭店整改的法律依据和程序：企业应首先核实工商部门要求闭店整改的具体法律依据和程序是否合法。如果认为工商部门的行为存在违法或不当之处，可以要求其出示相关法律依据和程序文件。
- 积极配合整改并寻求法律帮助：如果工商部门的要求合法且合理，企业应积极配合整改工作，尽快消除违法违规行为。同时，企业也可以咨询专业律师，了解自身在整改过程中的权利和义务，以及可能面临的法律风险。
- 依法维护自身权益：如果认为工商部门的行为违法或侵犯了自身权益，企业应依法申请行政复议或提起行政诉讼。在复议或诉讼过程中，企业应提供充分的证据和理由，证明工商部门的行为违法或不当。
可能后果：
- 如果企业未按照工商部门的要求进行整改或继续违法经营，可能面临更严重的行政处罚，如吊销营业执照、罚款等。
- 如果企业认为工商部门的行为违法并依法申请行政复议或提起行政诉讼，且复议机关或法院认定工商部门的行为违法，那么工商部门可能需要承担相应的法律责任，如撤销原行政处罚决定、赔偿企业损失等。
总之，工商部门要求直接闭店整改是否合法，需根据具体情况进行判断。企业应积极了解相关法律法规和程序要求，依法维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。