针对您提出的问题，即仲裁时公司未提交合作协议书，仲裁后却拿合作协议书起诉您，您可以从以下几个方面进行反驳：

1. 仲裁与诉讼的独立性：

   • 仲裁裁决的既判力：仲裁裁决一旦作出，即具有法律上的既判力，意味着仲裁所认定的事实和法律适用对双方均具有约束力。若公司在仲裁过程中未提交合作协议书，且仲裁庭未将其作为裁决依据，那么在后续的诉讼中，公司不能简单地以该合作协议书作为新证据来推翻仲裁裁决。
   • 诉讼中的新证据审查：若公司确实在诉讼中提交了合作协议书作为新证据，法院会审查该证据是否构成“新证据”。根据法律规定，新证据通常指的是在原审中未能提交，且非因当事人自身原因未能提交的证据。若公司因自身原因（如疏忽、故意隐瞒等）未在仲裁中提交，该证据可能不被法院采纳。

2. 反驳合作协议书的真实性或关联性：

   • 真实性质疑：您可以对合作协议书的真实性提出质疑，例如要求公司出示原件进行核对，或者通过笔迹鉴定、印章鉴定等方式来验证其真实性。若合作协议书存在伪造、变造等情形，其真实性将受到严重质疑。
   • 关联性质疑：即使合作协议书是真实的，您也可以质疑其与本案的关联性。例如，合作协议书的内容是否与仲裁或诉讼中的争议焦点直接相关，是否能够直接证明公司的主张等。若合作协议书与本案无直接关联，其证明力将大打折扣。

3. 反驳公司主张的法律适用：

   • 法律条款解读：针对公司依据合作协议书提出的主张，您可以对相关法律条款进行解读，指出公司对法律条款的理解存在偏差或错误。例如，公司可能依据合作协议书中的某一条款主张您应承担某种责任，但您可以通过法律解释和适用来反驳该主张。
   • 类似案例参考：您可以引用类似案例来支持您的观点。通过查找和引用与本案情况相似的案例，您可以展示法院在类似情况下的裁判思路和结果，从而增强您的反驳力度。

4. 程序性反驳：

   • 诉讼时效：若公司提起的诉讼已超过法律规定的诉讼时效期间，您可以提出诉讼时效抗辩，要求法院驳回公司的诉讼请求。
   • 管辖权异议：若您认为法院对本案无管辖权，您可以提出管辖权异议，要求法院将案件移送至有管辖权的法院审理。

在具体操作时，建议您采取以下措施：

• 及时收集证据：针对公司提交的合作协议书，您应及时收集相关证据来支持您的反驳观点，如与合作协议书相关的往来邮件、聊天记录、付款凭证等。
• 咨询专业律师：虽然我作为陈思远律师已经给出了上述建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，我建议您在必要时咨询专业律师，以便根据您的具体情况制定更详细的反驳策略。
• 保持冷静和理性：在面对公司的起诉时，请保持冷静和理性，不要被情绪所左右。通过合法途径来维护自己的权益，是解决问题的最佳方式。