结论前置：在劳动仲裁中，若被申请人当庭提交答辩材料，申请人可以从以下几个方面进行反驳和应对：强调对方未提前提交答辩材料的程序瑕疵、针对答辩内容进行实质性反驳、利用仲裁庭的调查权进行补充举证。

详细分析：

1. 强调程序瑕疵与对方的不诚信行为：

   • 申请人可以指出，根据《劳动争议调解仲裁法》及相关规定，被申请人有义务在规定期限内提交答辩材料，以便申请人有足够时间准备反驳意见和证据。被申请人当庭提交答辩材料，违反了法定程序，剥夺了申请人的合法准备时间，属于不诚信行为。
   • 申请人可以请求仲裁庭对被申请人的这种行为进行训诫，并强调这种行为可能影响仲裁庭对被申请人诚信度的评价，从而在裁决时予以考虑。

2. 针对答辩内容进行实质性反驳：

   • 申请人应仔细阅读被申请人的答辩材料，针对其提出的观点和证据进行逐一反驳。例如，如果被申请人否认存在劳动关系，申请人可以提供劳动合同、工资单、工作证等证据来证明劳动关系的存在。
   • 申请人还可以指出答辩材料中的逻辑矛盾或事实错误，削弱其说服力。例如，如果被申请人声称未收到申请人的工作要求，但申请人能提供邮件、短信等证据证明已发送工作要求，则可有效反驳被申请人的主张。

3. 利用仲裁庭的调查权进行补充举证：

   • 申请人可以请求仲裁庭对案件事实进行调查核实，包括询问双方当事人、相关证人以及审查双方提交的证据等。在调查过程中，申请人可以补充提供有利于自己的证据，以支持自己的主张。
   • 如果被申请人当庭提交的答辩材料中涉及新的事实或证据，申请人可以请求仲裁庭给予一定的准备时间，以便对新材料进行研究和反驳。同时，申请人也可以利用这个机会进一步补充自己的证据，以完善自己的主张。

4. 强调仲裁庭的公平、公正原则：

   • 申请人可以强调，仲裁庭在审理案件时，应遵循公平、公正的原则，保障双方当事人的合法权益。被申请人当庭提交答辩材料，虽然违反了法定程序，但仲裁庭仍应全面、客观地审查案件事实和证据，作出公正的裁决。
   • 申请人可以请求仲裁庭在裁决时，充分考虑被申请人违反程序的行为对其诚信度的影响，以及这种行为可能对案件事实认定和裁决结果产生的潜在影响。

法律建议：

• 在劳动仲裁过程中，申请人应密切关注被申请人的动态和提交的材料，及时准备反驳意见和证据。
• 如果被申请人当庭提交答辩材料，申请人应保持冷静，仔细阅读材料内容，并针对其观点和证据进行逐一反驳。
• 申请人可以充分利用仲裁庭的调查权，请求仲裁庭对案件事实进行调查核实，并补充提供有利于自己的证据。
• 在整个仲裁过程中，申请人应遵循诚实信用原则，如实陈述事实和提供证据，以维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果申请人能够成功反驳被申请人的答辩内容，并提供充分的证据支持自己的主张，仲裁庭可能会作出有利于申请人的裁决。
• 如果被申请人当庭提交的答辩材料对案件事实认定产生重大影响，且申请人无法提供有效反驳证据，仲裁庭可能会根据现有证据和事实作出裁决，这可能对申请人不利。因此，申请人应尽可能提前准备充分的证据和反驳意见，以应对可能出现的各种情况。