关于迟到扣了20元违纪款后是否还要扣全勤奖的问题，这主要取决于公司内部的规章制度以及劳动合同中的相关约定。以下是我从不同角度给出的详细分析：
公司规章制度的角度：
- 许多公司会在其规章制度中明确规定，员工迟到、早退或旷工等行为将如何影响其全勤奖的发放。如果公司的规章制度中明确规定了迟到会同时扣除违纪款和全勤奖，那么公司这样做是有依据的。
- 然而，如果规章制度中并未明确提及迟到会同时扣除这两项费用，或者规定较为模糊，那么员工有权对公司的做法提出质疑，并要求公司给出合理的解释。
劳动合同的角度：
- 劳动合同是员工与公司之间约定权利和义务的重要文件。如果劳动合同中明确规定了迟到会扣除全勤奖，那么员工应当遵守这一约定。
- 但如果劳动合同中并未提及此事，或者规定与公司的规章制度相冲突，那么员工可以依据劳动合同来维护自己的权益。在这种情况下，员工可以与公司协商，或者通过法律途径来解决争议。
法律原则的角度：
- 从法律原则出发，公司扣除员工的全勤奖应当有合理的依据和明确的约定。如果公司随意扣除员工的全勤奖，而没有相应的规章制度或劳动合同作为支撑，那么这种做法可能涉嫌违法。
- 员工有权要求公司对其扣除全勤奖的行为给出合理的解释，并在必要时寻求法律援助来维护自己的权益。
建议：
- 首先，你可以仔细查阅公司的规章制度和劳动合同，看看其中是否有关于迟到扣除全勤奖的明确规定。
- 如果规章制度或劳动合同中并未明确提及此事，或者规定较为模糊，你可以与公司的人力资源部门或上级领导进行沟通，了解公司的具体做法和依据。
- 如果公司无法给出合理的解释或拒绝改正其做法，你可以考虑通过法律途径来解决争议，比如向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
最后需要强调的是，每个公司的规章制度和劳动合同都可能有所不同，因此具体情况需要具体分析。如果你对自己的权益有疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的法律建议。