感染基孔肯雅热不上班，一般情况下不会被扣工资，但具体还需根据实际情况和相关法律法规来判断。以下是从不同角度进行的分析：

一、病假与工资支付

1. 病假权利：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，职工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。在医疗期内，职工享有病假权利。

2. 工资支付：在医疗期内，企业应当按照不低于当地最低工资标准的80%支付职工病假工资或者疾病救济费。这意味着，即使您因感染基孔肯雅热而无法上班，只要处于医疗期内，企业就应当支付您相应的工资或疾病救济费。

二、特殊情况下的工资支付

1. 医疗期外的处理：如果您的医疗期已经结束，但仍然无法从事原工作，也不能从事用人单位另行安排的工作，那么用人单位可以根据相关规定解除劳动合同，并支付相应的经济补偿。在这种情况下，您可能无法获得全额工资。

2. 未按规定提供医疗证明：如果您未能按照用人单位的要求提供医疗证明或者相关医疗文件，用人单位可能会根据内部规章制度对您的病假进行扣减或者不予批准。这可能导致您在病假期间无法获得全额工资。

三、建议与注意事项

1. 及时沟通：如果您因感染基孔肯雅热而需要请假，建议及时与用人单位沟通，说明情况并提供相应的医疗证明。这有助于确保您的病假得到批准，并保障您的工资权益。

2. 了解内部规章制度：不同的用人单位可能有不同的内部规章制度，关于病假的申请、批准以及工资支付等方面可能有所不同。因此，建议您在请假前了解并遵守用人单位的相关规定。

3. 寻求法律援助：如果您在病假期间遇到工资被扣减或者未支付的情况，且与用人单位协商无果，您可以考虑寻求法律援助或者咨询专业律师，以维护自己的合法权益。

总结来说，感染基孔肯雅热不上班，在医疗期内您一般有权获得相应的工资或疾病救济费。但具体还需根据您的医疗期情况、是否提供医疗证明以及用人单位的内部规章制度等因素来判断。如果您有任何疑问或者需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。