当公司为员工购买了商业保险，且员工在工作中发生工伤时，赔偿流程与标准会依据所购买的商业保险类型及具体条款来确定。以下是对此问题的详细解答：

一、明确保险类型及赔偿范围

1. 雇主责任险：

   • 定义：此险种覆盖被保险人（即公司）所雇佣的员工在受雇过程中，因从事与保险单所载明的业务相关的工作而遭受的意外伤害或患职业性疾病，导致的伤、残或死亡。被保险人应承担的医疗费用及经济赔偿责任，将由保险人按约定负责赔偿。
   • 赔偿范围：通常包括医疗费、误工费、伤残赔偿金等，具体以保险合同为准。
   • 赔偿流程：
     1. 员工发生工伤后，应立即向保险公司报案。
     2. 准备并提交相关材料，如医疗证明、事故报告等。
     3. 保险公司审核材料，确定赔偿金额。
     4. 保险公司支付赔款，可能是给员工或用人单位（视合同约定）。

2. 团体意外险：

   • 定义：以团体方式投保的人身意外保险，保障被保险人因遭受意外伤害而造成的残疾、死亡等，并给付相应的保险金。
   • 赔偿范围：通常包括意外身故、伤残、医疗费用等，但需注意免责条款和免赔率。
   • 赔偿流程：
     1. 员工发生工伤后，及时向保险公司报案。
     2. 准备并提交理赔材料，如病历、诊断证明、费用清单等。
     3. 保险公司审核材料，确定是否属于保险责任。
     4. 若属于保险责任，保险公司支付赔款给员工或其指定受益人。

二、工伤保险与商业保险的衔接

• 工伤保险：是法定的强制性社会保险，旨在保障职工在工作中遭受事故伤害或患职业病时获得医疗救治和经济补偿。
• 商业保险：作为工伤保险的补充，可以提供更全面的保障和更高的赔偿额度。
• 衔接方式：员工在享受工伤保险待遇的同时，也可以根据商业保险合同的约定申请相应的赔偿。若商业保险赔付不足，公司仍需承担剩余的赔偿责任。

三、关键注意事项

1. 及时报案：员工发生工伤后，应尽快向保险公司报案，以便保险公司及时介入调查并处理理赔事宜。
2. 准备齐全的材料：根据保险公司的要求，准备并提交完整的理赔材料，确保材料的真实性和有效性。
3. 了解保险条款：在购买保险前，公司应详细了解保险条款中的保障范围、免责条款等内容，避免在理赔时出现纠纷。
4. 协调配合：在理赔过程中，员工和公司应积极配合保险公司的调查和审核工作，提供必要的协助和支持。
5. 法律责任：商业险赔付不能免除公司的工伤赔偿责任。根据《工伤保险条例》，用人单位有义务为职工参加工伤保险。若未参加，职工发生工伤时，由该用人单位按照条例规定的工伤保险待遇项目和标准支付费用。

四、工伤认定流程

1. 申请：职工发生事故伤害或被诊断为职业病后，所在单位应自事故伤害发生之日或被诊断为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
2. 提交材料：需提供工伤认定申请表、劳动关系证明材料、医疗机构诊断证明等。
3. 受理与调查核实：社会保险行政部门收到申请后，会在15日内对提交材料进行审核，决定是否受理。必要时，会对申请事项进行调查核实。
4. 作出认定决定：社会保险行政部门自受理申请之日起60日内作出工伤认定决定，事实清楚的15日内作出。认定结果会书面通知申请方和用人单位。

综上所述，当公司为员工购买了商业保险，且员工发生工伤时，应依据保险类型及具体条款进行赔偿。同时，公司需确保员工及时获得工伤保险待遇，并积极配合商业保险公司的理赔工作。若遇到任何问题或疑问，建议及时咨询专业律师或保险顾问。