担保合同约定仲裁，在一般情况下能够对抗主合同没有约定管辖的情况，但具体还需根据仲裁协议的效力及案件实际情况来判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、仲裁协议的效力
仲裁协议的基本作用：
- 仲裁协议是双方当事人自愿将争议提交仲裁机构进行裁决的书面约定。一旦达成有效的仲裁协议，双方就应当受其约束，按照协议约定的方式解决争议。
- 根据《仲裁法》的相关规定，有效的仲裁协议可以排除法院的司法管辖权。这意味着，如果双方在担保合同中约定了仲裁条款，那么对于该担保合同项下的争议，法院通常是无权管辖的。
仲裁协议对抗主合同无管辖约定的情形：
- 当主合同没有约定管辖，而担保合同中约定了仲裁条款时，由于仲裁协议具有排除法院管辖的效力，因此，对于担保合同项下的争议，应当按照仲裁协议的约定提交仲裁机构进行裁决。
- 债权人一并起诉债务人和担保人的，如果主合同没有约定管辖，而担保合同约定了仲裁，那么对于担保部分的争议，法院可能无权管辖，除非仲裁协议被认定无效。此时，应当根据担保合同中的仲裁条款，将担保部分的争议提交仲裁机构进行裁决。但需注意，如果债权人仅就主合同部分提起诉讼，且主合同部分未约定仲裁，则法院对主合同部分有管辖权。
二、特殊情况下的处理
仲裁协议无效的情形：
- 如果仲裁协议存在无效情形，如约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围、无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立的仲裁协议、一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议等，那么仲裁协议将无法对抗法院的管辖权。
- 在这种情况下，如果主合同没有约定管辖，而担保合同中的仲裁协议又无效，那么法院将有权对担保合同项下的争议进行管辖。
债权人单独起诉担保人的情形：
- 如果债权人依法可以单独起诉担保人且仅起诉担保人的，那么应当根据担保合同确定管辖法院。但如果担保合同中约定了仲裁条款，且该条款有效，那么债权人应当按照仲裁条款的约定提交仲裁机构进行裁决，而不是向法院提起诉讼。
三、法律建议
审查仲裁协议的效力：
- 在签订担保合同时，双方应当仔细审查仲裁协议的条款，确保其内容合法、有效，并明确约定仲裁机构、仲裁地点等关键信息。
- 如果发现仲裁协议存在无效情形，应当及时协商修改或重新签订仲裁协议，以避免后续争议。
综合考虑管辖问题：
- 在涉及主合同和担保合同的纠纷中，双方应当综合考虑管辖问题，包括主合同是否约定管辖、担保合同是否约定仲裁等。
- 如果主合同没有约定管辖，而担保合同约定了仲裁，那么双方应当明确各自的权利和义务，避免在后续争议中因管辖问题而产生不必要的纠纷。
及时寻求法律帮助：
- 如果在签订或履行担保合同过程中遇到任何法律问题或疑问，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。
举例说明：假设甲公司与乙公司签订了一份主合同，未约定管辖条款。随后，甲公司与丙公司签订了一份担保合同，约定因担保合同产生的争议提交某仲裁机构进行仲裁。后因乙公司违约，甲公司欲一并起诉乙公司和丙公司。在此情况下，对于甲公司与乙公司之间的主合同争议，由于主合同未约定管辖，法院可能根据相关法律规定确定管辖法院；而对于甲公司与丙公司之间的担保合同争议，由于担保合同中约定了仲裁条款，且该条款有效，因此甲公司应当按照仲裁条款的约定提交仲裁机构进行裁决，法院对此部分争议无权管辖。
希望以上分析能够对您有所帮助。如果您在担保合同或相关法律问题上还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。