结论前置：

1. 一般情况下，店里负责人因过期商品扣员工钱的行为不合法。
2. 若员工存在故意或重大过失导致过期商品售出，且合同或规章制度中有明确规定，则可能合法，但需符合法定程序。

详细分析：

首先，从劳动法的角度来看，员工的工资是其劳动的直接回报，受到法律的保护。店里负责人因过期商品被售出而扣员工的钱，这一行为是否合法，需要依据具体的法律规定和劳动合同、公司规章制度的内容来判断。

1. 一般情况下不合法：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位不得随意克扣劳动者的工资。除非劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 在没有明确证据证明员工存在故意或重大过失导致过期商品被售出的情况下，店里负责人无权单方面扣员工的钱。

2. 特定情况下可能合法：

   • 如果员工确实存在故意或重大过失，导致过期商品被售出，并且劳动合同或公司规章制度中明确规定了此类情况下的赔偿责任和扣款方式，那么店里负责人扣员工的钱可能是合法的。
   • 但即便如此，扣款也必须遵循法定程序，如事先告知员工、确保扣款金额合理且不超过法定限制等。

法律建议：

• 对于员工而言，如果认为店里负责人的扣款行为不合法，可以首先与负责人进行沟通协商，要求其提供扣款的合法依据。
• 如果沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 对于店里负责人而言，应当严格遵守劳动法的规定，不得随意克扣员工的工资。如果确实需要因员工过错进行扣款，应当确保有明确的合同或规章制度依据，并遵循法定程序进行。

可能后果：

• 如果店里负责人非法扣款，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括责令限期支付工资、加付赔偿金等。
• 员工也可能因此提起劳动仲裁或诉讼，要求店里负责人支付被扣的工资及相应的经济补偿。

综上所述，店里负责人因过期商品扣员工钱的行为在一般情况下是不合法的。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。