结论：公司合同中全是五千元罚款条款是否合法不能一概而论，需结合具体情况判断，以下分情况说明：

1. 若罚款条款针对员工
   根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位与劳动者约定罚款需满足两个核心条件：

   • 合法性基础：罚款需基于劳动者违反规章制度或劳动合同约定，且规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示。
     
   • 合理性限制：罚款金额不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
     结论：若合同中所有罚款条款均违反上述条件（如未公示制度、罚款比例超标），则属于违法条款，劳动者可主张无效。

2. 若罚款条款针对合作方或客户
   需区分合同性质：

   • 民事合同：双方可协商约定违约金或赔偿条款，但需符合《民法典》第585条：违约金过高（超过实际损失30%）的，法院可调整。若“五千元罚款”明显高于实际损失，可能被认定为“过高违约金”。
     
   • 行政合同或格式合同：若合同涉及行政许可或为格式条款（如消费者合同），需遵守《消费者权益保护法》第26条：不得通过格式条款加重对方责任。若五千元罚款显失公平，可能被认定为无效条款。
     结论：需结合合同类型和实际损失判断，若罚款金额与违约行为不匹配，可能面临调整或无效风险。

3. 若罚款条款针对公司内部管理（如部门间）
   公司内部管理需遵守《公司法》及内部章程。若罚款属于公司自治范畴（如部门绩效扣罚），需满足：

   • 程序合法（如经董事会或股东会决议）；
     
   • 金额合理（不损害员工或合作方权益）。
     结论：若仅为内部管理工具且不违反法律强制性规定，可能合法；但若涉及外部主体权益，仍需受前述规则约束。

建议：

• 若您是劳动者，可要求公司出示罚款依据的规章制度，并核对是否公示及金额是否超标；
  
• 若您是合作方，可评估实际损失与罚款金额是否匹配，必要时通过诉讼主张调整；
  
• 无论何种情况，均建议保留合同原件、罚款通知等证据，以备维权使用。
  

如有具体合同条款或场景，可进一步向我说明，我会为您详细分析。