结论：公司安排八小时班分两次上，员工不配合是否违法，需根据具体情况判断，不能直接认定员工违法或公司违法。
一、从公司安排的角度分析
合法性前提：
- 公司对工作时间的安排应当遵循法律法规的规定，特别是关于工作时间、休息休假等方面的规定。
- 根据《劳动法》等相关法律法规，劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时。同时，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
分两次上班的合法性：
- 如果公司安排八小时班分两次上，但总工作时间不超过八小时，且保证了劳动者的休息权利，那么这种安排在法律上可能是合法的。
- 然而，如果这种安排导致劳动者连续工作时间过长，或者没有保证足够的休息时间，那么可能违反法律法规。
公司责任：
- 公司有责任确保工作时间的安排合法合规，并保障劳动者的合法权益。
- 如果公司安排的工作时间违反法律法规，劳动者有权拒绝执行，并可以向劳动监察部门投诉。
二、从员工不配合的角度分析
员工权利：
- 劳动者有权拒绝执行违法的工作时间安排。
- 如果劳动者认为公司的工作时间安排违反法律法规或劳动合同约定，可以与公司进行协商或向劳动监察部门投诉。
员工不配合的合法性：
- 员工不配合违法的工作时间安排是合法的，因为劳动者有义务遵守合法的劳动纪律，但没有义务遵守违法的安排。
- 然而，如果公司的工作时间安排是合法的，而员工无正当理由拒绝执行，那么员工可能违反劳动合同或公司规章制度。
员工责任：
- 员工在拒绝执行工作时间安排时，应当确保自己的理由是合法合理的。
- 如果员工无正当理由拒绝执行合法的工作时间安排，可能会面临公司的纪律处分或法律责任。
三、综合分析与建议
综合分析：
- 公司安排八小时班分两次上是否违法，取决于这种安排是否违反了法律法规关于工作时间、休息休假等方面的规定。
- 员工不配合是否违法，也取决于公司的工作时间安排是否合法以及员工拒绝执行的理由是否合法合理。
建议：
- 公司应当确保工作时间的安排合法合规，并充分与劳动者沟通协商，以达成共识。
- 劳动者在面对不合理的工作时间安排时，应当了解自己的权利并依法维权。
- 如果双方存在争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
总结：公司安排八小时班分两次上，员工不配合是否违法，不能一概而论。需要具体分析公司的工作时间安排是否合法以及员工拒绝执行的理由是否合法合理。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。