结论：员工不配合公司一个班分多次上的安排是否违法，需根据具体情况判断，不能一概而论。

分析：

1. 劳动合同与规章制度：

   • 首先，要查看员工与公司签订的劳动合同以及公司的规章制度。如果劳动合同或规章制度中明确规定了工作时间、班次安排等，且员工不配合的安排违反了这些规定，那么员工的行为可能构成违约或违反公司规定。但违约或违规并不等同于违法，它主要涉及的是员工与公司之间的合同关系或内部管理关系。
   • 如果劳动合同或规章制度中没有明确规定，或者规定不明确，那么就需要进一步考虑其他因素。

2. 劳动法的相关规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日，且每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时。如果公司一个班分多次上的安排导致员工的工作时间超过了法定标准，那么公司的安排就可能违法。
   • 同时，劳动法也规定了用人单位不得强迫或者变相强迫劳动者加班。如果公司要求员工不配合分多次上班就视为旷工或进行其他处罚，这种强迫性的安排也可能违法。

3. 员工不配合的合理性：

   • 员工不配合公司一个班分多次上的安排，可能有其合理的理由，如个人时间安排、健康状况等。如果员工能够提供合理的解释或证据，且公司的安排确实给员工带来了不便或损害，那么员工的不配合行为可能具有一定的合理性。
   • 然而，如果员工无正当理由拒绝配合，且这种拒绝行为影响了公司的正常运营或其他员工的权益，那么员工可能需要承担一定的责任。但这种责任更多是合同责任或内部管理责任，而非法律责任。

4. 可能的法律后果：

   • 如果公司的安排违反了劳动法的相关规定，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司改正违法行为并赔偿损失。
   • 如果员工的不配合行为构成了违约或违反公司规定，公司可以根据劳动合同或规章制度的规定对员工进行相应的处理，如警告、罚款、解除劳动合同等。但这些处理必须合法、合理，且不得违反劳动法的相关规定。

建议：

• 对于公司而言，应当合理安排工作时间和班次，确保符合劳动法的相关规定，并尊重员工的合法权益。如果需要调整工作时间或班次，应当与员工进行充分沟通并协商一致。
• 对于员工而言，如果对公司的安排有异议或不满，应当通过合法途径表达自己的诉求，如与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等。同时，也应当遵守公司的规章制度和劳动合同的规定，履行自己的义务。

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