男方工资一万，违约金写了五十万，这一约定是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
违约金合法性的判断标准
合同自愿性：违约金的设定必须基于双方平等、自愿、公正的合同条款约定。如果五十万违约金是双方在充分协商、了解后果的基础上自愿达成的，那么这一约定在形式上可能是合法的。
实际损失程度：违约金的合理性很大程度上取决于违约行为给对方带来的实际损失。如果违约行为可能给对方带来巨大的经济损失，且五十万违约金与这一实际损失大致相当，那么该违约金约定可能是合理的。反之，如果违约金远远超过实际损失，违约方可能会主张适当减少。
违约金过高的处理
法律调整：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。这意味着，即使合同中约定了高额违约金，法院或仲裁机构也有权根据实际情况进行调整。
举证责任：当违约方认为违约金过高时，需要承担举证责任，证明实际损失远低于约定的违约金。这通常需要提供相关证据，如损失计算依据、市场行情等。
实际案例分析
假设案例一：如果男方因违约行为给对方造成了直接和间接损失共计四十万，而合同中约定了五十万违约金，那么这一约定在数额上可能相对合理，但法院或仲裁机构仍可能根据具体情况进行微调。
假设案例二：如果男方仅因轻微违约行为（如迟到几次）就给对方造成了极小的损失（如几百元），而合同中却约定了五十万违约金，那么这一约定显然过高，违约方有权主张减少违约金。
建议与结论
审查合同：建议双方在签订合同时，仔细审查违约金条款，确保其合理性和可执行性。
协商调整：如果发现违约金约定过高或过低，双方可以协商调整至合理水平。
法律途径：在发生争议时，可以通过法律途径解决，由法院或仲裁机构根据实际情况判断违约金的合理性。
综上所述，男方工资一万而违约金写了五十万是否合法，取决于合同自愿性、实际损失程度以及法律对违约金的调整规定。因此，不能简单地判断这一约定是否合法，而需要根据具体情况进行综合分析。如果有任何法律疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。