违章建筑的店铺在交房给房东退租时，租金能否退还需根据具体情况判断，但通常承租人有权要求退还部分或全部租金。以下从不同角度进行分析：

一、租赁合同效力角度

1. 合同无效性：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，租赁违章建筑签订的租赁合同通常被认定为无效。因为违章建筑违反了相关法律法规的强制性规定，不具备合法的产权证明和规划许可。
   • 合同无效后，因该合同取得的财产应当予以返还。因此，承租人有权要求出租人退还已支付的房租。

2. 过错责任分担：

   • 如果承租人在签订合同时明知或应知该建筑为违章建筑而仍选择租赁，承租人自身也存在过错。
   • 在此情况下，法院将依据双方的过错程度，通过公平原则来判定房租的具体退还数额，可能并非全额退还。

二、实际使用情况角度

1. 未实际使用房屋：

   • 若承租人在支付房租后，因相关部门认定该建筑为违章建筑并采取强制措施（如查封、拆除等），导致承租人无法实际使用该房屋，则承租人有权要求出租人全额退还房租。
   • 这是因为承租人并未从合同中获得任何实际利益。

2. 已实际使用房屋：

   • 如果承租人已经实际使用了违章建筑一段时间，法院在判决时会考虑承租人实际使用的期间和使用程度等因素。
   • 根据公平原则，法院可能会酌情判定退还部分房租，以体现对双方利益的平衡保护。例如，如果承租人已使用半年而租赁期为一年，法院可能会判决出租人退还剩余半年的房租。但具体退还数额需根据实际情况和法院判决确定。

三、法律建议与风险提示

1. 租房前调查：

   • 为避免因租赁违章建筑而产生的纠纷和损失，租客在租房前应充分了解房屋的性质和状况，确保所租房屋具备合法的产权证明和规划许可。
   • 如发现房屋存在违章嫌疑，应及时咨询专业机构或律师以获取准确的法律意见。

2. 合同条款明确：

   • 在签订租赁合同时，双方应明确约定房屋的性质、用途、租金支付方式、退租条件等条款，以避免后续纠纷。
   • 特别是对于违章建筑，合同中应明确约定如因房屋违章导致合同无效或无法继续履行的处理方式。

3. 及时维权：

   • 如发生退租纠纷，承租人应及时与出租人协商解决。如协商不成，可通过法律途径维护自身权益。
   • 在维权过程中，承租人应保留好相关证据（如租赁合同、租金支付凭证、房屋违章证明等），以便在诉讼或仲裁中证明自己的主张。

总结来看，违章建筑的店铺在交房给房东退租时，租金能否退还以及退还的具体数额需根据租赁合同的效力、实际使用情况以及双方的过错程度来综合判断。租房前进行充分的调查和了解是预防此类纠纷的关键。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。