农村房子确权后，父亲和儿子个人签的协议是否有效，需分情况讨论：

1. 协议有效的情况：

   • 真实意愿体现：若协议是父亲和儿子双方真实意愿的体现，不存在欺诈、胁迫等导致意思表示不真实的情形，则协议具备有效性基础。
   • 内容合法合规：协议内容需符合法律法规的强制性规定，不违背公序良俗。例如，协议中约定的权利义务应明确、合理，不损害国家、集体或第三人的利益。
   • 产权变更登记：对于农村房屋这种不动产，若协议签订后办理了对应的产权变更登记手续（如将房屋过户至儿子名下），则房屋所有权发生转移，协议通常被认定为有效。此时，父亲已履行其义务，儿子也取得了房屋的所有权。

2. 协议可能无效的情况：

   • 意思表示不真实：若协议签订过程中存在欺诈、胁迫等情形，导致一方或双方的意思表示不真实，则协议可能被认定为无效。例如，父亲在受到儿子威胁的情况下签订协议，将房屋“赠予”儿子，此类协议不具备法律效力。
   • 内容违法或违背公序良俗：若协议内容违反法律法规的强制性规定，或违背公序良俗（如以不合法或违背道德伦理的方式签订协议），则协议可能无效。例如，协议中约定儿子需承担不合理的赡养义务作为获取房屋的条件，此类条款可能因违背公序良俗而被认定为无效。
   • 未办理产权变更登记：对于农村房屋而言，仅签订协议而未办理产权变更登记的，房屋所有权并未发生转移。在产权变更登记完成之前，父亲有权随时撤销协议。此时，若父亲反悔并拒绝办理过户手续，儿子可能无法依据协议取得房屋所有权。

法律建议：

• 在签订农村房屋协议时，建议双方明确协议内容、权利义务及违约责任等条款，并确保协议为双方真实意愿的体现。
• 若条件允许，可办理产权变更登记手续，以明确房屋所有权归属，避免后续纠纷。
• 若对协议效力存在疑虑或发生争议，建议及时咨询专业律师，通过法律途径维护自身合法权益。

可能后果：

• 若协议被认定为有效，则双方需按照协议约定履行各自义务。若一方违约，另一方有权要求其承担违约责任。
• 若协议被认定为无效，则双方需恢复原状或赔偿损失。例如，若房屋已交付但未过户，儿子需将房屋返还给父亲；若因协议无效导致一方遭受损失，另一方需承担相应的赔偿责任。