结论：父亲和儿子共有的房产，夫妻之间签订的协议是否有效，取决于协议的具体内容、签订时的真实意思表示以及是否违反法律法规的强制性规定。以下从多个角度进行分析：

一、协议内容合法性

1. 若协议内容合法：如果夫妻之间签订的协议是关于共有房产的合理分配、管理或使用等，且不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，那么该协议通常是有效的。例如，协议可以约定在特定条件下（如离婚、一方去世等）房产的归属或分配方式。

2. 若协议内容违法：如果协议内容涉及非法转让、抵押共有房产，或者以欺诈、胁迫等手段迫使对方签订协议，损害国家、集体或第三人的利益，那么该协议是无效的。此外，如果协议违反了公序良俗原则，也可能被认定为无效。

二、签订时的真实意思表示

1. 真实意思表示：协议的签订应当基于双方的真实意思表示。如果一方在签订协议时存在重大误解、欺诈、胁迫等情形，导致协议内容并非其真实意愿，那么该协议可能因缺乏真实意思表示而被撤销或认定为无效。

2. 非真实意思表示：例如，如果一方在签订协议时受到另一方的威胁或欺诈，被迫同意不合理的房产分配方案，那么该协议可能因缺乏真实意思表示而被撤销。

三、协议形式与登记

1. 协议形式：虽然口头协议在某些情况下也可能具有法律效力，但为了确保协议的明确性和可执行性，建议采用书面形式签订协议。书面协议可以更清晰地记录双方的权利和义务，减少争议和纠纷。

2. 登记手续：对于涉及房产的协议，如果需要进行产权变更登记（如过户、抵押等），则必须按照相关法律法规的规定办理登记手续。未办理登记手续的，可能影响协议的对外效力，即不得对抗善意第三人。

四、特殊情况考虑

1. 共有房产的处分：如果父亲和儿子共有的房产属于按份共有或共同共有，那么在处分该房产时，通常需要经过所有共有人的同意。如果夫妻之间签订的协议涉及对共有房产的处分，但未经其他共有人（如儿子）的同意，那么该协议可能因侵犯其他共有人的权益而无效。

2. 军婚等特殊情况：如果涉及军婚等特殊情况，还需要考虑相关法律法规的特殊规定。例如，军人的配偶在离婚时可能享有特殊的权益保护，这可能影响夫妻之间签订的关于共有房产的协议的效力。

建议：在签订涉及共有房产的协议时，建议咨询专业律师以确保协议的合法性和有效性。律师可以根据具体情况提供法律意见和帮助，确保协议内容合法、明确且可执行。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。