农村房屋不过户，仅父与女儿签订协议，该协议在符合法定条件下是有效的，但存在一定风险，且无法完全替代过户的法律效力。以下从不同角度进行详细分析：
协议有效的法律基础
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体有权依法订立合同，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，即具有法律效力。因此，父与女儿之间签订的关于农村房屋的协议，如果内容合法、双方意思表示真实，且不存在欺诈、胁迫等情形，该协议在法律上是有效的。
物权变动与合同效力的区分：物权变动（如房屋所有权的转移）需要依法进行登记，而合同的效力并不依赖于物权变动的完成。也就是说，即使房屋没有过户，只要协议本身合法有效，女儿就可以依据协议享有要求父亲履行过户义务的权利，或者在父亲不履行时，通过法律途径维护自己的权益。
协议存在的风险及局限性
无法对抗善意第三人：如果父亲在协议签订后，又将房屋出售给不知情的第三人，并完成了过户手续，那么女儿可能无法依据协议要求第三人返还房屋。因为根据物权法的相关规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。
执行难度：如果父亲不履行协议中的过户义务，女儿需要通过法律途径（如诉讼）来强制执行。这不仅需要耗费时间和精力，还可能面临执行难的问题，特别是如果父亲没有其他可供执行的财产时。
政策风险：农村房屋的买卖和过户可能受到当地政策的限制和影响。如果未来政策发生变化，可能导致协议无法履行或过户受阻。
建议
尽量办理过户手续：为了确保女儿能够真正获得房屋的所有权，并避免上述风险，建议父女双方在签订协议后，尽快办理房屋的过户手续。
完善协议内容：如果确实无法立即办理过户手续，建议在协议中明确约定过户的时间、条件、违约责任等条款，以增加协议的约束力和可执行性。
咨询专业律师：在签订协议前，建议咨询专业律师，了解当地政策和法律规定，确保协议内容合法、有效，并符合双方的真实意愿。
总结来说，农村房屋不过户，仅父与女儿签订协议，在符合法定条件下协议是有效的，但存在一定风险且无法完全替代过户的法律效力。为了确保女儿的权益得到充分保障，建议尽量办理过户手续或完善协议内容，并在必要时咨询专业律师。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。