父亲给儿子写协议是否有效，需分情况讨论：
一、协议内容与房屋产权状况
若协议涉及房屋赠与：
- 个人完全所有财产：若房子是父亲个人完全所有的财产，他有权自由处分该房产。通过书面协议将房子赠与儿子，只要协议内容真实、无欺诈胁迫等违法情形，且形式符合法律要求（如有签字、注明日期），则该协议通常有效。但需注意，即使赠与协议有效，要实现房屋产权真正转移给儿子，还需办理房屋产权过户登记手续。未办理过户登记的，在一定情形下父亲可能享有任意撤销权（但经过公证的赠与合同或具有救灾、扶贫、助残等公益、道德义务性质的赠与合同除外）。
- 共有财产：若房子是父亲与他人（如配偶）共有的财产，则父亲单独写协议赠与房子属于无权处分共有部分。未经其他共有人同意，涉及共有部分的赠与协议效力存在瑕疵，其他共有人可主张该部分赠与无效。
若协议涉及其他财产或权益：
- 父亲有权处分自己名下的其他财产或权益，并通过协议形式赠与儿子。同样，协议内容需真实、合法，且形式符合法律要求。
二、协议形式和内容要求
形式要件：
- 赠与协议最好采用书面形式，明确写明赠与双方的身份信息、财产具体信息、赠与意愿等内容，并由父亲签字确认。这有助于确保协议的明确性和可执行性。
内容要件：
- 协议内容必须清晰、明确，无歧义地表达赠与意愿。同时，内容不得违反法律法规的强制性规定，不得损害国家、集体和他人的合法权益，也不能有附条件违法或违背公序良俗的内容。
三、签订协议时的民事行为能力
- 父亲在签订协议时必须具备完全民事行为能力，且该协议必须是其真实意思的表示。若存在欺诈、胁迫等情形，或因精神状况不佳而无法理解协议内容，协议可能被认定为无效。
四、特殊情形下的协议效力
父亲代儿子签署协议：
- 若儿子为完全民事行为能力人，父亲未经授权代签，协议效力待定，需儿子追认才有效。
- 若儿子是限制民事行为能力人，父亲的签署行为需依据其法定代理人的职责和权限来进行判定，超出权限的协议可能无效。
- 若儿子为无民事行为能力人，父亲的签署行为通常无效，除非符合法定代理或表见代理的情形。
协议涉及第三方权益：
- 若协议内容涉及第三方权益，如房屋抵押给第三方而未告知儿子，则可能影响赠与协议的效力。此时，需考虑第三方的权益保护及协议是否违反法律法规的强制性规定。
五、建议与注意事项
- 确保协议合法有效：在签订协议前，建议咨询专业律师，确保协议内容合法、合规，且形式符合法律要求。
- 办理相关登记手续：对于涉及房屋等不动产的赠与协议，需及时办理房屋产权过户登记手续，以确保产权的真正转移。
- 保留相关证据：在签订协议过程中，建议保留相关证据，如签字、日期、见证人等，以备不时之需。
总结来看，父亲给儿子写协议是否有效，取决于协议内容、房屋产权状况、协议形式和内容要求、签订协议时的民事行为能力以及特殊情形下的协议效力等多个因素。为确保协议的有效性并实现财产的真正转移，建议在签订协议前咨询专业律师，并依法办理相关登记手续。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。