结论：员工在职期间与新公司仅签订合同第二天辞职且没有实际工作，原单位是否会查到，取决于多种因素，包括但不限于新公司的信息披露、行业内的信息流通、以及原单位是否主动进行调查等，无法一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、新公司的信息披露
新公司主动告知：
- 如果新公司在与员工签订合同后，主动向原单位或其他相关方披露了该信息，那么原单位很可能会得知员工已与新公司签约并辞职的情况。
- 但这种情况较为少见，因为新公司通常没有义务或动力去主动告知原单位此类信息。
新公司不主动告知：
- 如果新公司选择不主动披露该信息，那么原单位可能无法直接从新公司处得知员工已辞职的情况。
二、行业内的信息流通
行业内部消息：
- 在某些行业，特别是竞争激烈的行业，员工流动信息可能通过行业内部渠道（如同行交流、行业会议等）迅速传播。
- 如果员工的新职位或辞职行为在行业内引起了关注，那么原单位可能通过这些渠道间接得知相关信息。
社交媒体与公开信息：
- 员工可能在自己的社交媒体上发布关于新工作的信息，或者新公司可能在其官方网站或社交媒体上公布新员工的信息。
- 如果原单位关注这些渠道，可能会间接得知员工已辞职的情况。
三、原单位的主动调查
背景调查：
- 如果原单位在员工离职后进行背景调查，可能会发现员工已与新公司签约的情况。
- 但背景调查通常需要一定的时间和资源，且不是所有原单位都会进行此类调查。
其他调查手段：
- 原单位可能通过其他手段（如联系员工的前同事、查询公开记录等）来获取员工的新工作信息。
- 但这些手段的有效性取决于多种因素，包括信息的可获取性、调查的成本等。
四、法律建议与风险提示
遵守合同与法律规定：
- 员工在离职和入职新公司时，应遵守与原单位签订的劳动合同以及相关法律法规的规定。
- 擅自离职或违反合同约定可能面临法律责任，如赔偿原单位因员工离职而遭受的损失。
保护个人隐私：
- 员工在处理个人工作信息时，应注意保护个人隐私，避免在不必要的场合透露过多个人信息。
- 如果原单位通过不正当手段获取员工的个人信息，员工可以依法维护自己的权益。
与原单位沟通：
- 如果员工计划离职并入职新公司，建议与原单位进行坦诚沟通，说明自己的离职意愿和原因。
- 这有助于减少不必要的误解和纠纷，维护良好的职业关系。