公司在法定节假日给三倍工资而不给两倍（这里假设用户指的是除法定节假日外其他加班情形未给相应倍数工资，或整体工资支付存在不符合法定倍数情形）是否合法，需分情况讨论：
法定节假日加班：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这意味着，在法定节假日加班，公司必须支付三倍工资，不存在“给三倍而不给两倍”的说法，因为法定要求就是三倍。若公司未支付三倍，则明显违法。
休息日加班：
- 同样根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。这里要求的是双倍工资，而非三倍。因此，如果公司在休息日安排加班且未安排补休，但只支付了正常工资或未支付双倍工资，则违法；若已支付双倍，则符合法律规定，不存在“给三倍而不给两倍”的问题，因为休息日加班本就不要求三倍。
工作日延长工作时间加班：
- 依据同一法律条款，安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。即工作日加班应支付1.5倍工资。若公司未支付此倍数，则违法；若已支付，则符合法律规定，与“三倍”或“两倍”无关。
针对用户可能存在的实际疑问（即公司是否按法定倍数支付了所有类型的加班工资）的进一步分析：
- 如果用户实际想问的是“公司是否在所有加班情形下都按法定倍数支付了工资，而存在某些情形下未支付或支付不足”，那么需要明确的是，不同类型的加班（法定节假日、休息日、工作日延长工作时间）对应不同的工资倍数。公司必须按照法律规定，针对每种加班情形支付相应的倍数工资。
法律建议：
- 核实加班类型与工资支付：劳动者应首先核实自己的加班类型（法定节假日、休息日、工作日延长工作时间）以及公司是否按法定倍数支付了工资。
- 与公司协商：若发现公司未按规定支付加班工资，可先与公司进行友好协商，要求补发。
- 向劳动监察部门投诉：协商无果时，可向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：若对投诉结果不满意，可申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，通过法律程序维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 若公司未按规定支付加班工资，将面临劳动监察部门的处罚，并可能需要补发工资及支付经济补偿。
- 劳动者有权通过法律途径要求公司支付应得的加班工资及可能的经济补偿。
综上所述，公司在法定节假日必须支付三倍工资，不存在“给三倍而不给两倍”的合法情形；在休息日和工作日延长工作时间加班时，则分别需支付双倍和1.5倍工资。若公司未按规定支付，劳动者应依法维权。