针对您提出的“总公司开发票分公司走款是否合法”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

结论前置：总公司开发票，分公司走款（即收款）的行为，在符合一定条件和遵循相关法律法规的前提下，是可行的。但这一行为必须谨慎操作，以确保不违反税务和公司法等相关规定，避免潜在的税务风险和合规问题。

法律允许情况与条件

1. 公司法规定：

   • 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。因此，在业务往来中，如果交易实质是总公司与客户之间发生的，总公司作为销售方开具发票是符合规定的。
   • 若总公司、分公司和客户三方签订了明确的委托收款协议，约定由分公司代为收取款项，则分公司走款行为可视为经过总公司授权的代收行为，具有一定的法律依据。

2. 税法原则：

   • 税务机关通常遵循“三流一致”或“三流合一”的原则，即货物流、资金流和发票流应相互统一。在同一县或市内，且总分公司之间的业务真实发生时，总公司开票并收款或由分公司开票并收款（在符合委托收款协议等条件下）均可行。
   • 关键在于开票单位、收款单位和合同签署单位必须保持一致，或者存在合理的委托收款关系。

可能存在的风险及应对措施

1. 税务风险：

   • 若总公司开发票而分公司走款，未提供合理的委托收款协议等证明文件，税务机关可能认为交易存在异常，怀疑虚开发票等税务违法行为。
   • 跨地区操作时，由于税收管辖权问题，此行为可能被视为不符合规定。
   • 应对措施：确保交易主体与开票主体、收款主体相一致；签订明确的委托收款协议；咨询专业税务顾问以获取具体指导。

2. 财务核算风险：

   • 总公司开具发票确认收入，但款项由分公司收取，可能导致财务核算混乱。
   • 应对措施：加强总分公司之间的财务沟通，确保账务处理及时、准确，保持收入和资金的匹配性。

3. 合同风险：

   • 如果合同中明确约定了收款账户为总公司账户，而实际由分公司收款，将构成合同条款的违反。
   • 应对措施：在合同中明确约定收款方式及账户信息，确保与实际操作相符。

总结与建议

总公司开发票、分公司走款的行为并非绝对不可行，但需满足严格的条件和要求。为了确保这一行为的合法性和合规性，我建议您：

• 咨询专业税务顾问或律师：获取具体的法律指导和帮助，确保您的操作符合税务和公司法等相关法律法规的要求。
• 加强内部财务管理和沟通：确保账务处理的准确性和及时性，避免财务核算混乱和合同风险。
• 谨慎处理总分公司之间的关系：确保行为的合法性和合规性，以避免潜在的税务风险和合同纠纷。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。