结论：加班按上半夜、下半夜计算是否合法需分情况讨论，若不符合法定工时制度则不合法；若遭遇此类违法情形，可通过向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁的方式维权。以下是具体分析：

一、加班按上半夜、下半夜计算是否合法？

1. 若符合法定工时制度：
   根据《劳动法》第三十六条，劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周不超过44小时。若用人单位将夜班（如下半夜）工作时间合理计入每日8小时工时内，且未超过法定上限，同时依法支付加班费（平日1.5倍、休息日2倍、法定节假日3倍工资），则该计算方式合法。
   例如：员工当日工作8小时（含下半夜4小时），次日正常休息，且已支付加班费，则合法。

2. 若违反法定工时制度：

   • 超时工作：若每日工作时间超过8小时或每周超过44小时，且未支付加班费，则违法。
     
   • 未支付加班费：即使总工时未超标，但未按法定标准支付夜班加班费（如下半夜工作按正常工资结算），亦属违法。
     
   • 未保障休息权：根据《劳动法》第三十八条，用人单位应保证劳动者每周至少休息1日。若连续安排上半夜、下半夜工作导致无休息日，则违法。

二、如何举报用人单位的违法行为？

1. 向劳动监察部门投诉：

   • 流程：携带身份证、劳动合同、考勤记录、工资条等证据，到用人单位所在地的劳动保障监察大队提交书面投诉材料。
     
   • 法律依据：《劳动保障监察条例》第十一条规定，劳动监察部门有权查处用人单位违反工时、工资规定的行为。
     
   • 时限：劳动监察部门应在60个工作日内完成调查，情况复杂的可延长30日。

2. 申请劳动仲裁：

   • 适用情形：若投诉后未解决，或需主张加班费、经济补偿等权益，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
     
   • 流程：提交仲裁申请书、证据材料，仲裁庭将在45日内作出裁决（情况复杂可延长15日）。
     
   • 注意事项：劳动仲裁免费，但需在知道权益被侵害之日起1年内提出。

三、实务建议

1. 保留证据：

   • 保存考勤记录（如打卡记录、排班表）、工资条、加班通知等材料，证明实际工作时间及未支付加班费的事实。
     
   • 若无书面证据，可通过录音、聊天记录等方式固定用人单位承认加班的表述。

2. 优先协商：
   可先与用人单位沟通，要求调整工时安排或补发加班费。若协商无果，再启动投诉或仲裁程序。

3. 注意时效：
   劳动仲裁时效为1年，自知道权益被侵害之日起计算。建议尽快行动，避免超期。

总结：加班按上半夜、下半夜计算是否合法，需结合工时是否超标、是否支付加班费、是否保障休息权等因素综合判断。若用人单位存在违法行为，可通过劳动监察投诉或劳动仲裁维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询。